微小RNA（miRNA）是一种大小约21-23个碱基的单链小RNA，miRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻译，从而在转录后水平调控蛋白表达。miRNA测序可以一次获得数百万条miRNA序列，能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的miRNA及其表达差异，为研究miRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。

技术路线:

技术优势:

•通量高：一次测序可得到10M reads；

•分辨率高：可以检测小RNA单个碱基的差异；

•精准度高：从几个到数十万个拷贝精确计数；

•不依赖已知信息：既能鉴定已知miRNA，又能发现新miRNA；

•可重复性高：深度测序保证了抽样随机性，重复性非常好，无需重复实验。

样本类型：完整无基因组DNA污染的Total RNA

样本浓度：浓度≥ 200 ng/μL

样本纯度：OD260/280介于1.8-2.2，OD260/230 ≥ 2.0

样本需求量：总量≥ 2 μg

样本完整度：28S/18S ≥ 1.5， Agilent 2100 Bioanalyzer检测RIN值≥ 7.0

数据分析内容:

图 数据分析流程

结果展示:

图 样本间差异表达的已知miRNA聚类热图

图 已知miRNA预测靶基因结果示意图

图 差异表达miRNA靶基因KEGG富集散点图

Biomedicine & Pharmacotherapy：AMI恢复期患者血浆外泌体中miR-342-3p的失调及其对心脏修复的影响

    越来越多的证据表明，外泌体携带的miRNA在其生物学功能中起着重要作用。为了探索AMI-Exo降低心脏保护能力的机制，研究使用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术比较了AMI-Exo与Nor-Exo的miRNA成分。AMI-Exo组中10个上调多的miRNA和10个下调多的miRNA如热图所示（图A）。由于计划在后续实验中对受损的AMI-Exo进行修饰，因此重点关注AMI-Exo中相对于Nor-Exo中下调的miRNA。5个下调的mirna在AMI-Exo中的表达水平经qRT-PCR验证。其中miR-193a-5p、miR-193b-5p、miR-342-3p在AMI-Exo中被证实下调。此外，与Nor-Exo相比，miR-342-3p是AMI-Exo中下调多的miRNA（图B）。

图 miR-342-3p在AMI-Exo中表达异常

1.miRNA测序数据量一般需要达到多少？

答：通常建议每个样本miRNA至少测到10M reads。

2.miRNA测序为什么需要单独构建文库？

答：因为miRNA序列较短，只有20个核苷酸左右，常规测序引物无法直接捕获这么短的序列，因此需要通过在两端加上接头的方式进行文库构建，这与长链的RNA序列建库是不同的。