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细菌/真菌广泛存在于大自然中,其具有多样性丰富,基因组较小等特征。其中细菌是一类只存在拟核的裸露DNA的单细胞原核生物(基因组大小一般小于10Mb),它包括细菌和古菌两大类群。真菌则是一种低等真核生物(基因组大小约为2.5 Mb-100Mb),复杂度介于细菌和动植物之间。
随着高通量测序技术的迅速发展,通过细菌、真菌基因组重测序技术,可以获得某个细菌/真菌基因组信息,不但帮助我们了解其表型特征,致病机制以及其重要相关基因的功能,还可以通过和其它细菌/真菌基因组信息进行比对分析和进化分析,从而了解其分子进化机制。
样品类型:溶解于蒸馏水或TE (pH 8.0)中的基因组DNA
样品需求量:Qubit检测,要求浓度≥50ng/μL,总量≥2.5μg
样品纯度:OD 260/280介于1.8-2.0,OD260/230 ≥2.0
样品完整度:琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA完整性,要求电泳条带清晰可见,无明显降解,且无RNA污染
基因组重测序的分析流程包括质量控制、序列拼接、基因组组装、基因注释、基因定位等。基因组重测序的结果包括:
基因组大小:测定基因组的长度、GC含量等。
基因组组装:对原始测序数据进行拼接,得到参考基因组。
基因注释:通过对基因组序列进行功能预测、基因定位等,得到基因组注释信息。
基因比较:比较不同基因组的差异,包括基因数量、结构变异等。
系统发育分析:通过比较物种回答进化过程、起源发育等问题。
1、基因组重测序的测序深度和覆盖度有什么区别?
答:测序深度指的是每个碱基被测序的次数,覆盖度指的是基因组中每个碱基至少被测序的次数。测序深度越高,覆盖度也越高。
2、基因组重测序可以用于哪些应用?
答:基因组重测序可以用于基因组组装、基因组注释、基因表达分析、基因组比较、基因功能预测、系统发育分析等多种应用。
3、细菌和真菌基因组重测序之间有什么区别?
答:细菌和真菌基因组重测序之间主要的区别在于基因组大小、GC含量和基因密度等方面。通常而言,细菌基因组比真菌基因组小,GC含量较低,基因密度较高。
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