技术服务
Technical Service
SSRseq®超高通量SSR分型
  • SSRseq®简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR),也称微卫星(Microsatellite)或短串联重复序列(Short Temdem Repeats,STR),其串联重复的核心序列常为1-6 bp,是一种广泛分布在真核生物基因组中的重复序列。由于其自身具有共显性遗传,多态位点多,信息含量丰富,物种间转移性好,易于检测,重复性好的特点,因此广泛应用于动植物遗传多样性、亲缘关系分析、品种鉴定、分子标记辅助选择、QTL定位等研究。

    SSRseq®天昊生物依托自身技术优势,开发出了基于Illumina二代测序平台的SSRseq®超高通量SSR分型技术。该技术针对目的区域SSR设计多重PCR扩增体系,一个扩增反应体系可以完成16-20个SSR标记的PCR反应,然后对目的片段进行二代测序。此技术可以直接检测到同一SSR位点不同等位基因的序列信息,不但能达到单碱基分辨率,并且能够准确给出每个等位基因SSR重复单元的具体重复次数和不同等位基因的相对比例,不需要人工判读基因型,基于生物信息学分析流程高效、准确分型,适用于二倍体物种,尤其适合异源多倍体物种SSR位点检测。您只需提供样品DNA及SSR位点信息,我们便可帮您完成从实验检测到数据分析整体服务。

    技术优势:

    • 采用二代测序平台,精确检测重复单元数目和不同等位基因的相对比例;

    • 独创的“滑移校正”及“扩增效率校正”,避免将滑移峰误判为等位基因;

    • 目标序列已知情况下,避免插入缺失引起的基因型误判;

    • 避免将非特异性扩增条带误判为等位基因;

    • 不同SSR标记扩增产物长度不需要分子量大小梯度变化;

    • 不需要人工判读基因型,基于生物信息学分析流程高效、准确分型;

    • 相对于传统技术,高通量、低费用。





  • 样本类型:溶解于蒸馏水或TE (pH 8.0)中的基因组DNA

    样品需求量:浓度≥20 ng/μL,总量≥(200+m*30) ng(200ng为小送样量,方便送样和用于质控;m为panel数目,需要销售直接填写算好的总量)

    样品完整度:琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA完整性,要求电泳条带清晰可见,无明显降解,且无RNA污染

    样品运输:DNA低温运输,每个离心管用parafilm膜密封




  • 标准分析:

    1) 测序数据量统计以及测序数据质量统计

    2) 目标位点富集效率评估

    3) SSR分型

    SSR频数 (SSR中各重复数对应的reads数量)

    SSR频率(SSR中各重复数的相对频率)

    SSR分型统计

    SSR motif密度分布图

    高级分析:

    1) 种群多样性分析

    2) 聚类与进化树分析

    3) 种群结构分析

    4) 种群分化分析

    5) 亲缘关系分析及关联分析等




  • 1、Cui X, Li C, Qin S, Huang Z, Gan B, Jiang Z, Huang X, Yang X, Li Q, Xiang X, Chen J, Zhao Y, Rong J. High-throughput sequencing-based microsatellite genotyping for polyploids to resolve allele dosage uncertainty and improve analyses of genetic diversity, structure and differentiation: A case study of the hexaploid Camellia oleifera. Mol Ecol Resour. 2022 Jan;22(1):199-211. doi: 10.1111/1755-0998.13469. Epub 2021 Jul 26. PMID: 34260828.

    2、Li X, Wang J, Qiu Y, Wang H, Wang P, Zhang X, Li C, Song J, Gui W, Shen D, Yang W, Cai B, Liu L, Li X. SSR-Sequencing Reveals the Inter- and Intraspecific Genetic Variation and Phylogenetic Relationships among an Extensive Collection of Radish (Raphanus) Germplasm Resources. Biology (Basel). 2021 Nov 30;10(12):1250. doi: 10.3390/biology10121250. PMID: 34943165; PMCID: PMC8698774.




  • 1、对SSR位点要求是怎样的?

    答:重复单元好不少于3 bp

    重复数好10个以内

    重复单元好不全由GC或AT做成

    SSR位点周围不存在其他SSR位点


    2、在适用范围说明里,“必须基于已知染色体倍数才能得到不同的等位基因间的相互比例”,这里具体是什么意思?

    答:我们分析时的校正、终给包含比例信息的分型结果,均是基于染色体倍数已知的前提下进行。如未知的话,就只能给到不含比例的分型。 


    3、SSRseq的佳适用范围是什么?

    答:分型位点数和样本量较小时不适合,一般建议SSR位点数不少于10个,样本量不少于100个。理论上不封顶。从现实角度考虑,位点数500个以内,样本数再多都行。




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