Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit（935K）是一种全基因组甲基化筛选工具，靶向人类甲基化组具生物学意义的区域中超过935,000个CpG位点，同时在其前代产品MethylationEPIC v1.0（850K）的基础上极大的提高了向后兼容性。该芯片保留了以单核苷酸分辨率定量分析全基因组CpG的能力，同时提供高度准确和精确的甲基化测量，不受测序深度的影响。可使用精简、用户友好的Infinium甲基化检测分析多种DNA样本类型，包括从FFPE分离的DNA样本。与其他方法相比，MethylationEPIC v2.0具有可扩展性和更低的单个样本总成本，因此可用于筛选大型队列，发现关于疾病机制的有影响力的生物学见解。

技术路线：

技术优势：

•超过935K CpGs及专家定义的新内容；

•高度准确和精确的DNA甲基化数据；

•每个样品的低成本高通量分析；

•与FFPE组织样品中提取的DNA兼容。

样本类型：完整无污染的基因组DNA，主条带清晰，无严重降解

样本浓度：浓度≥ 50 ng/μL

样本纯度：OD260/280 =1.6-2.0

样本需求量：总量≥ 1000 ng

数据分析内容：

图 数据分析流程

结果展示：

图 各样本探针甲基化程度密度分布图

图 各样本的甲基化程度violin图结果

图 各样本在基因组上的甲基化水平可视化

图 差异甲基化位点火山图结果

图 所有甲基化位点曼哈顿图结果

ournal of Investigative Dermatology：全基因组DNA甲基化研究发现系统性硬化症患者CD4+ 和CD8+ T细胞的干扰素相关基因表现低甲基化

研究方法：

 研究结果：

全基因组甲基化检测确定差异甲基化位点后的GO富集分析，发现干扰素相关通路基因在2种T细胞的DMR中都显著富集。目的区域甲基化技术检测第一阶段的部分样本，表明450k甲基化检测芯片和目的区域甲基化技术结果的一致性非常好，Pearson相关性高达86%和90%。目的区域甲基化技术在独立扩大样本中验证第一阶段获得的干扰素信号通路基因（16个基因；62个位点），其中5个基因的差以甲基化得到验证。通过检测干扰素信号通路基因的表达量，部分基因的表达量与甲基化程度表现显著的负相关。通过检测血液 IFN-a、IFN-b水平，发现部分干扰素信号通路基因高表达与高IFN-a、IFN-b水平相关。

 图 SSc患者和对照个体全基因组DNA甲基化分析的曼哈顿图和主成分分析图

1.Infinium探针类型包括哪些？

答：InfiniumⅠ型探针设计：对于每个甲基化位点设计两种探针，M型探针尾部为碱基G，用于检测甲基化信号。U型探针尾部为A碱基，用于检测未甲基化信号。若基因组上的某一位点发生甲基化，那么在亚硫酸氢盐的处理下，GC仍为GC，可与M型探针结合，荧光标记的核苷酸掺入后能被检测到荧光信号，M型探针发光。反之，如果没有被甲基化，那么在亚硫酸氢盐的处理下，GC 变为GT，可与U型探针结合，延伸后U型探针发光。Beta值（β）用于衡量该位点甲基化程度。取值区间（0，1），越接近于1表示该位点甲基化程度越高，越接近于0则表示该位点甲基化程度越低。

InfiniumⅡ型探针设计：对于每个甲基化位点只设计一种探针，可同时检测甲基化信号和未甲基化信号，根据荧光类型判断延伸的碱基类型，从而判断该位点是否发生甲基化。