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免疫组库测序
  • 免疫组库(Immune Repertoire, IR)是指个体在任何特定时间点其循环系统中所有功能多样性B淋巴细胞和T淋巴细胞的总和。T细胞和B细胞分别通过其表面的T细胞受体(T cell receptor, TCR)和 B细胞受体(B cell receptor, BCR)来识别和结合抗原,介导机体的细胞免疫和体液免疫,进而发挥清除病原体或体内肿瘤细胞的功能。BCR和TCR在结构上具有相似的特征,均为异源二聚体。其中BCR由两条重链(H)和两条轻链(L)组成,TCR由α链和β链组成,每条链又可分为V(Variable)、D(Diversity)、J(Joining)、C(Constant) 区。在VDJ区域中,决定BCR和TCR的抗原特异性关键的区域是3个互补决定区 (complementarity determining regions, CDR),其中以CDR3的可变性高,因此,通常免疫组库研究主要针对该区域的序列。

    本技术借助于SMART扩增和多重PCR技术,以RNA为起始样本,特异性扩增BCR重链(IgA, IgD, IgE, IgG, IgM)和轻链(IgK, IgL),以及TCR α(TRA)和 β(TRB)链,通过高通量测序和数据分析,分别获得上述同种型的CDR3种类和比例信息。

    技术路线

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    技术优势

  • a) 样本类型:完整无基因组DNA污染的Total RNA

    b) 样本浓度:浓度≥ 200 ng/μL

    c) 样本纯度:OD260/280 = 1.8~2.2,OD260/230 ≥ 2.0

    d) 样本需求量:对于PBMC样本,要求浓度≥50 ng/μL;总量≥500 ng

    e) 样本完整度:Agilent 2100 Bioanalyzer检测RIN值≥ 7.0


  • 数据分析内容

    1) 原始数据质控

    2) 基因引物检测

    3) MiGEC分析

    4) V(D)J基础分析

    5) V(D)J多样性分析

    6) V(D)J样本比较分析

    7) V(D)J注释分析

    结果展示


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    图 BCR CDR3碱基长度分布图

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    图 BCR测序不同亚型占比

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    图 BCR比对结果示例图

  • 1.免疫组库检测适用于什么物种?

    答:目前只适用于人。

    2.免疫组库可以检测哪些抗体亚型,可以只检测BCR或者TCR吗?

    答:体系包括BCR重链(IgA, IgD, IgE, IgG, IgM)和轻链(IgK, IgL),以及TCR α(TRA)和 β(TRB)链的检测,可以根据样本情况和研究目的选择检测内容,选择BCR或TCR的一种或多种亚型进行检测。

    3.可检测的样本类型有哪些,建议起始量多少?

    答:可检测的样本类型有PBMC,分选的B细胞及B细胞亚型(仅检测BCR)、T细胞及T细胞亚型(仅检测TCR),通常PBMC需要100ng total RNA起始,建议提供≥2×105个细胞,富集的B细胞或T细胞10ng total RNA起始,建议提供≥2×104个细胞。

    4.测序可以获得V(D)J全长序列吗?

    答:文库插入片段约450-600bp,包括基因V(D)J全长序列,由于Illumina测序平台读长的限制,无法获得全长序列。如需全长序列,可考虑采用三代平台进行测序。


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