线粒体和叶绿体是细胞内的两个重要细胞器，它们都拥有自己的基因组。线粒体和叶绿体基因组测序利用二代测序技术，可以简便快速、高通量获得线粒体/叶绿体DNA 序列信息，通过对其基因组进行全面的测序和分析，包括序列比对、基因注释、基因功能预测等，在进化生物学研究、疾病诊断和法医学、种质资源评价、物种鉴定、种群遗传学等领域都有十分重要的应用。

技术参数:

线粒体：

样本类型：

        动物：取富含线粒体的组织，例如动物肌⾁组织（如胸、腿部等）。

        植物：取含有极低叶绿体的组织，避免叶绿体基因组的干扰，推荐植物愈伤组织，其次为黄化苗叶片等组织。

送样量：

        动物：总量 ≥ 2 g，可尽量多提供。

        植物：总量 ≥ 5 g，可尽量多提供。

样品保存及运输：

        液氮处理后，-20ºC或-80ºC保存，  避免反复冻融，冰袋或干冰运输。

叶绿体：

样本类型：

        取植物绿色叶片组织。取样之前，建议光照6 h以上。

送样量：

        总量 ≥ 5 g，可尽量多提供。

样品保存及运输：

        液氮处理后， -20ºC或-80ºC保存， 避免反复冻融，冰袋或干冰运输。

数据质控：通过FastQC等软件对原始数据进行质量控制。

序列拼接：将高质量的序列拼接成长序列。

基因组注释：利用不同的软件进行基因组注释，包括基因定位、基因结构预测等。

进化分析：利用序列比对等方法进行进化分析，可以预测物种亲缘关系、进化速度等。

1、线粒体和叶绿体基因组测序的优点是什么？

答: 线粒体和叶绿体基因组测序可以提供高分辨率的遗传信息，具有高度保守性和较快的进化速度，可用于种间亲缘关系的研究。此外，线粒体和叶绿体基因组比核基因组更小，容易测序和注释。

2、随机测序的高级分析有哪些内容？

答

1）一代测序补洞；

2）比较基因组分析（mvista分析、IR区域扩张分析等）；

3）密码子RSCU分析；

4）RNA编辑分析（基于预测或转录组数据）；

5）进化和分歧时间分析。

3、随机测序一般应用于哪些领域？除了单独检测细胞器基因组外，是否能给客户推荐几种研究策略组合？

答: 

1）细胞器基因组研究已经在医学遗传学、系统发育和生物地理研究、群体遗传和生态学研究等领域被广泛应用。

p 疾病诊断；

追溯物种的起源、迁徙；

近缘种间/种内的亲缘关系和遗传多样性研究；

不同物种之间复杂的进化及系统发育地位。

2）单独检测细胞器基因组外，还可以推荐的研究策略组合是：同一物种的线粒体+叶绿体同时检测及比较，细胞器基因组+SSR，细胞器基因组+SSR+DNA条形码分析等。