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昊为泰植物内生菌绝对定量测序:破解宿主干扰难题,精准定量微生物群落
发布时间:2025-02-25

植物内生菌(Endophytes)是指定殖于植物组织内部(如根、茎、叶等)且不引起宿主明显病理症状的微生物群落。近年研究表明,内生菌与宿主植物形成复杂的共生关系,通过代谢产物调控宿主生理功能,包括促进植物生长、抗病性增强及抗氧化活性提高等方面,都发挥了重要作用。

随着测序技术的快速发展,以扩增子测序为代表的检测方法,已成为微生物群落多样性研究的重要工具。但是常见的扩增子测序(如16S rDNA V3V4区或V4V5区)并不适合植物内生菌的检测,因为存在宿主基因组污染,并且只能获得相对定量数据等问题,这些技术不足都限制了技术检测结果的准确性和全面性。昊为泰生物在总结前人研究基础上,自主研发出适用于植物内生菌多样性检测的绝对定量测序技术。该技术可以显著改善常规扩增子技术的方法不足,进一步推动植物内生菌领域的深入研究


传统植物内生菌扩增子测序常见问题

1.宿主污染问题:传统16S rRNA扩增子测序(如V3-V4区)容易受到植物宿主基因组的干扰,造成检测结果出现宿主污染,导致无法获得准确的微生物群落多样性信息。

2.相对定量局限性:常规扩增子测序仅能获取微生物群落的相对丰度,缺乏对绝对丰度的精确测定,不全面的检测结果可能导致研究结论的错误。


昊为泰植物内生菌绝对定量测序服务

技术原理

昊为泰植物内生菌绝对定量测序服务是在Accu16S®细菌绝对定量测序专利技术基础上,针对更加适合植物内生菌基因组16S rDNA V5-V7区研发出来的技术。通过向样本DNA中添加昊为泰人工合成专利内标序列,构建标准曲线,计算获得微生物群落绝对定量结果。

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图1、昊为泰植物内生菌绝对定量测序技术流程图


该方法可以提供基于常规相对定量扩增子测序和绝对定量测序全部分析结果,以及两种定量测序的联合分析结果。具体包括物种注释统计和进化树分析、群落组成分析、Alpha多样性分析、Beta多样性分析、功能预测分析、环境因子分析等内容。

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图2、昊为泰植物内生菌绝对定量测序分析流程图

技术优势

1.显著减少宿主污染问题:采用更适合植物内生菌检测的16S V5-V7区进行扩增,显著减少了植物宿主基因组DNA对测序结果的影响。

2.绝对定量+相对定量同时获得:引入内标序列,构建标准曲线,通过绝对拷贝数计算提供微生物群落的绝对定量和相对定量数据,使研究者能够全面了解微生物的真实丰度和多样性。

3.提高数据可比性:采用加入人工内标的绝对定量技术,可以确保不同实验批次检测结果的可比性,解决了由实验方法、批次差异等因素引起的技术误差,从而获得更加真实可信的比较结果。

4.技术平台成熟:该方法是在成熟的昊为泰Accu16S®细菌绝对定量测序专利技术平台基础上研发的。Accu16S®细菌绝对定量测序推出的六年多来,检测项目1300多项,发表SCI文章近百篇,这些都为植物内生菌检测打下了坚实的基础。


关于昊为泰

昊为泰生物的植物内生菌绝对定量测序技术将会在植物生态学、农业生产、土壤健康等研究领域,特别是植物相关微生物与植物宿主生长的相互作用方面具有广泛应用前景,将为推动定量微生物组学研究在植物内生菌检测,以及在植物与微生物互作等研究方面的发展,提供昊为泰专属的特色解决方案。


欢迎联系昊为泰生物,

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参考文献:

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