发酵食品在人类生活中扮演着不可或缺的角色，涵盖了发酵蔬菜、肉制品、乳制品、调味品以及酒精饮品等多元品类。但其生产过程中的生产效率和产品质量波动对食品安全构成潜在威胁。这种不稳定性主要源于自发发酵微生物群落的复杂性，缺乏标准化接种和严格的过程控制。因此，有效调控复杂的微生物群落是提升发酵生产的关键。然而，我们对这些微生物群落的真实结构、动态演替和功能的认知依然不足，使得发酵调控难以实现。因此，亟需采用精准的检测方法来揭示微生物群落的真实结构，以期为实现食品发酵过程的精准调控提供准确靶点。

基于上述考虑，国际食品期刊《Critical Review in Food Science and Nutrition》杂志发表了题为“Challenges and perspectives of quantitative microbiome profiling in food fermentations”（1区Top, IF5y=10.3）的综述文章。文中特别强调了以添加Spike-in标准品为代表的定量微生物组方法，是迄今为止了解微生物群落结构，并进一步实现食品发酵控制的优方法，它为微生物群落结构提供了许多新的重要见解，其在食品发酵中的应用正在快速增加。

本文总结了定量微生物组分析在食品发酵中的应用优势，包括：1. 揭示微生物群落的真实结构和动态变化。2. 揭示微生物群落的功能微生物。3. 定向调控食品发酵中的微生物群落。

图1、定量微生物组分析在食品发酵中的应用优势

这些应用方向表明，定量微生物组分析不仅能够更加精准揭示微生物群落的结构和动态变化，还能够深入理解微生物群落的功能，并终实现对食品发酵过程的定向调控，这为食品发酵的智能化、高效化发展提供了有力的理论依据和技术手段。  

  昊为泰技术新成果  

上海昊为泰生物在定量微生物检测领域深耕多年，目前可以提供基于添加Spike-in标准品的Accu16S^®细菌和AccuITS^TM真菌扩增子绝对定量测序，以及AccuMetaG^®宏基因组绝对定量测序专利技术服务，并且已经协助食品发酵领域的学者发表了系列一区文章。

• 昊为泰微生物扩增子绝对定量六周年特刊 |  【绝对定量选天昊】专注微生物绝对定量技术创新，做定量微生物组学开创者！；

• 基于Spike-in内标法 | 昊为泰首创微生物AccuMetaG宏基因组绝对定量测序专利技术服务，火热进行中！
  

• Microbiome | 沈其荣院士团队利用昊为泰扩增子绝对定量技术揭示根际合成菌群通过微生物协同效应提高了植物抗病能力；
  

• GCB | 张佳宝院士/梁玉婷团队利用昊为泰扩增子绝对定量技术揭示微生物温度敏感性与土壤有机碳分解的气候变化响应；

• 综述聚焦发酵食品中的微生物组组装，总结了“扩散-选择-多样化-漂移”框架和群落丰度及多样性的重要作用；
  

• 多篇Nature强烈建议：微生物真实差异、疾病标记物、核心菌群筛选、模型预测、动态变化、菌群互作网络、群落组装要用“绝对定量”；
  

• Nature：要想真正研究宿主-肠道微生物的相互作用，必须将相对定量变成绝对定量；
  

• Nature文章发现微生物群落动态研究绝对定量是关键，内标法比qPCR法定量更好（特异性、灵敏度和一致性更高）；

• Nature Biotechnology强烈建议微生物组要用“绝对定量”，指出当前研究未普及微生物组绝对定量检测是“不幸的”；
  

• The ISME Journal：为什么微生物相对定量不能代替绝对定量；
  

• Microbiome文章强调利用内标法进行扩增子绝对定量测序可以更好揭示微生物组动力学中突出的核心物种和相互作用。