DNA甲基化是被广泛研究的一种表观遗传修饰，参与了包括基因调控、生物发育、疾病发生发展等在内的多种生物学过程。除了全基因组水平的甲基化研究，一些目标基因的甲基化研究则更有针对性和大样本可行性，并且对基因组水平甲基化是很好的补充和验证。

使用亚硫酸氢盐处理DNA后，昊为泰生物结合目的区域富集和二代测序技术，推出自主研发的多重目的区域甲基化富集测序技术MethylTarget^®，在大幅度降低研究费用的同时实现个性化目的区域甲基化测序。

近年来，昊为泰目的区域甲基化测序技术已经助力多位科研工作者发表高质量研究成果，下边将展示2024年我们合作的部分文章：

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郑树森院士团队于Cancer Communications杂志（IF：20.1，中科院1区）发表论文“SERPINE2通过抑制c-Cbl介导的EGFR泛素化和降解促进肝癌转移”

该研究首先基于公共数据库筛选，SERPINE2被确定为受DNA甲基化调控的肿瘤启动子（昊为泰生物提供该目的基因的甲基化测序服务，下图）。SERPINE2在肝癌组织中表达显著升高，并与肝癌患者的不良预后相关。SERPINE2通过增强细胞伪足形成、细胞黏附、癌症相关成纤维细胞活化、细胞外基质重塑和血管生成促进肝癌转移。免疫沉淀/质谱检测证实SERPINE2通过与表皮生长因子受体EGFR相互作用激活EGFR及其下游信号通路。在机制上，SERPINE2通过与E3泛素连接酶c-Cbl竞争来抑制EGFR的泛素化并维持其蛋白稳定性。此外，索拉非尼处理后肝癌细胞中EGFR被激活，SERPINE2敲低诱导的EGFR下调显著增强了索拉非尼对肝癌的治疗效果。此外，研究发现SERPINE2敲低也对乐伐替尼治疗有增敏作用。

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东南大学高伟团队于Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle杂志（IF：9.4，中科院1区）发表了新研究成果“骨骼肌功能相关分泌因子的DNA甲基化发现FGF2是肌肉减少症的潜在生物标志物”

背景：肌肉减少症的特征是由于衰老导致肌肉质量和功能的进行性损失。DNA甲基化已被确定在骨骼肌功能障碍中起重要作用。本研究的目的是探讨骨骼肌减少症患者全血样本中骨骼肌功能相关因子的甲基化变化。

方法：采用MethlTarget^® DNA甲基化分析平台，分析50例肌肉减少症老年人（年龄≥65岁）和50例年龄和性别匹配的非肌肉减少症个体的DNA甲基化水平。候选差异甲基化区域（DMRs）在另外两个独立的大队列中通过甲基化特异性PCR （MSP）进一步验证，并通过焦磷酸测序证实。采用受试者工作特征（ROC）曲线分析确定成纤维细胞生长因子2 (FGF2)_30甲基化能预测肌肉减少症的佳截断水平，并计算ROC曲线下面积（AUC）。采用单因素分析和多因素逻辑回归分析探讨候选DMRs与肌少症风险的相关性。

结果：在27个骨骼肌功能相关分泌因子的1149个CpG位点中，在发现组中肌少症患者与对照组间存在17个差异甲基化位点和7个差异甲基化区域。进一步的MSP发现，成纤维细胞生长因子2 (FGF2)_30的甲基化水平在肌少症患者中较低，并且随着肌少症严重程度的增加而降低，并且通过焦磷酸测序证实了这一点。相关分析显示，FGF2_30甲基化水平与ASMI（r = 0.372, P < 0.001）、握力（r = 0.334, P < 0.001）、步态速度（r = 0.411, P < 0.001）呈正相关。ROC曲线分析显示，预测骨骼肌减少症的FGF2_30甲基化水平佳临界值为0.15，敏感性为84.6%，特异性为70.1%（AUC = 0.807, 95% CI = 0.756 ~ 0.858, P < 0.001）。多因素逻辑回归分析显示，低FGF2_30甲基化水平（<0.15）与肌肉减少症风险增加显著相关，即使在校正了潜在混杂因素（包括年龄、性别和BMI）后也是如此（校正OR = 9.223, 95% CI: 6.614-12.861, P < 0.001）。

结论：研究结果表明，较低的FGF2_30甲基化与老年人骨骼肌减少症的风险和严重程度相关，表明FGF2甲基化可以作为筛查和评估骨骼肌减少症的替代生物标志物。

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厦门大学王勤团队于International Journal of Biological Macromolecules杂志（IF：8.2，中科院1区）发表了新研究成果“产前EGCG消耗影响成年小鼠肝糖原合成和脂质代谢”

本研究探讨了产前暴露于没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）对成年小鼠后代肝脏的影响。虽然EGCG以其健康益处而闻名，但其产前暴露对肝脏的影响尚不清楚。将妊娠C57BL/6J小鼠暴露于1 mg/kg的EGCG中16 d，观察其对成年后代的肝毒性影响。转录组学和代谢组学被用于阐明肝毒性机制。研究结果表明，在成年小鼠中，产前EGCG暴露导致肝脏体细胞指数下降，炎症反应增强，并通过增加糖原积累而破坏肝功能。整合组学分析揭示了肝脏糖脂代谢的关键通路的显著改变，如糖异生、胰岛素信号失调和肝脏炎症的诱导。此外，本研究发现Ppara启动子甲基化水平与其mRNA水平呈负相关，提示EGCG可以通过表观遗传修饰降低肝脏脂质含量（昊为泰生物提供该目的基因的甲基化测序服务）。研究结果表明，产前EGCG暴露会对成年人的肝脏产生有害影响，并强调有必要对怀孕期间摄入EGCG相关的潜在风险进行全面评估。

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郑州大学毛振兴团队于Environmental Pollution杂志（IF：7.6，中科院2区）发表了新研究成果“有机氯农药对2型糖尿病的联合作用：来自激素的内分泌干扰作用的见解”

有机氯农药（OCPs）暴露与2型糖尿病（T2DM）的关系仍存在矛盾，证据多集中于单一暴露。本研究旨在评估OCPs个体暴露和联合暴露与T2DM的关联，并探讨性激素及其受体甲基化水平在上述关联中的作用机制。采用病例对照研究设计，共纳入1812名研究对象。采用气相色谱-质谱法、液相色谱-串联质谱法和焦磷酸测序法分别检测血浆OCPs、血清性激素和全血性激素受体甲基化水平（昊为泰生物提供目的基因的甲基化测序服务，下图）。采用广义线性模型分析OCPs、性激素、性激素受体甲基化水平与T2DM的关系。采用基于分位数的g计算（QGC）和Bayesian Kernel机器回归（BKMR）评估联合暴露情况。通过调节中介模型评估性激素及其受体的甲基化水平的作用。调整协变量后，p,p’-DDE每增加一个单位（2.718 ng/ml），男性T2DM患病风险增加。在绝经前女性中，QGC和BKMR在OCPs与T2DM的关联中存在正向联合作用，在男性和绝经后女性中均存在正向联合作用，但差异无统计学意义。p,p’-DDE是产生正相关的大因素。此外，睾酮介导了21.149%的p,p’-DDE与T2DM的关联。位于CpG岛1的雄激素受体甲基化（ARm）调节了p,p’-DDE与T2DM的关联。OCPs个体暴露和混合暴露均与T2DM发病风险增加呈正相关。睾酮和ARm可能参与了OCPs与T2DM的相关过程，为研究OCPs对内分泌的不良影响及糖尿病的病因和控制提供了新的途径。

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山东第一医科大学第一附属医院廖琳团队于Chinese Medical Journal杂志（IF：7.5）发表论文“C/EBPβ低甲基化引发的C/EBPβ-Lin28a正反馈回路促进血管平滑肌细胞在再狭窄中的增殖和迁移”

背景：经皮腔内血管成形术（PTA）后再狭窄的主要原因是血管平滑肌细胞（VSMCs）的过度增殖和迁移。据报道，Lin28a在这一过程中发挥了关键的调节作用。然而，CCAAT/增强子结合蛋白β（C/EBPβ）是否与Lin28a启动子结合并驱动再狭窄的进展尚不清楚。因此，本研究旨在阐明C/EBPβ-Lin28a轴在再狭窄中的作用。

方法：采用PTA法建立2型糖尿病再狭窄和动脉粥样硬化大鼠模型，每组各20只。随后，评估两组之间DNA甲基化状态和C/EBPβ表达的差异。通过EdU、Transwell和挽救实验评估C/EBPβ对VSMCs增殖和迁移的影响。使用MethylTarget测序进一步评估DNA甲基化状态。采用共免疫沉淀法分析了Lin28a与10-11易位1（TET1）的相互作用。统计分析采用Student’s t检验和单因素方差分析。

结果：与动脉粥样硬化相比，C/EBPβ在再狭窄中表达上调并伴有其启动子低甲基化。体外C/EBPβ过表达促进了VSMCs的增殖和迁移，并与Lin28a表达增加有关。相反，C/EBPβ敲低会产生相反的效果。染色质免疫沉淀实验进一步证实C/EBPβ可以直接结合Lin28a启动子。地西他滨治疗后，C/EBPβ表达增加，VSMCs增殖和迁移能力增强。此外，机械拉伸促进了C/EBPβ和Lin28a的表达，并伴有C/EBPβ低甲基化。另外，Lin28a过表达通过募集TET1减少C/EBPβ甲基化，增强C/EBPβ介导的VSMCs增殖和迁移，而在Lin28a敲低的细胞中则相反。

结论：研究结果表明，C/EBPβ-Lin28a轴是再狭窄进展的驱动因素，并提供了一个有希望的再狭窄治疗靶点。

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安徽医科大学公共卫生学院伍晓艳团队于Journal of Behavioral Addictions杂志（IF：6.6，中科院1区）发表论文“PER3基因DNA甲基化对中国青少年不良手机使用与作息类型关系的调节作用：关注性别差异”

目的：为了研究青少年中不良手机使用（PMPU）率与作息类型，并探讨PMPU与作息类型的关系及其性别差异。此外，探索了PER3基因DNA甲基化在这些关联中的调节作用。

方法：2019年4-5月，选取安徽、江西两省2所高校青年1179人。采用青少年不良手机使用自评问卷（SQAPMPU）和精简早晚性问卷（rMEQ）分别对青少年PMPU和作息类型进行研究。此外，还收集了744份血液样本来检测PER3基因DNA甲基化（昊为泰生物提供该基因的甲基化测序服务）。建立多变量逻辑回归模型分析PMPU与作息类型之间的关系。使用调节分析来确定PER3基因DNA甲基化是否调节PMPU与作息类型之间的关系。

结果：青年人PMPU患病率为24.6%，晨型作息（M型）患病率为18.4%，中性型（N型）患病率为71.1%，晚型（E型）患病率为10.5%。多因素逻辑回归结果显示，PMPU与E型呈正相关（OR值为3.53，95%CI: 2.08-6.00），且按性别分层后仅在女性中存在相关（OR值为5.36，95%CI: 2.70-10.67）。此外，PER3基因DNA甲基化在PMPU和作息类型之间具有负向调节作用，并且存在性别差异。

结论：本研究可从流行病学和生物病因学角度为青少年昼夜节律紊乱的防治提供有价值的信息。

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