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Technical Service
SNaPshot多重SNP分型
  • 我公司利用由美国Life Technologies公司开发的SNaPshot技术,针对中等通量的SNP分型项目进行了技术上的改进大大提高了分型的通量和准确性。SNaPshot又称为小测序技术,是在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪跑胶后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。通过针对不同的SNP位点设计不同长度的延伸引物来做到多个SNP在一个反应体系中进行分型,目前我们已经可以做到15个位点同时分型通量。由于此方法为四色荧光标记,所以可以针对各种SNP类型进行分型,同时还可以对插入、缺失进行分析。

    针对性的解决多个SNP位点(8-16个)的基因分型项目,样本量灵活,从几百到上千个样品,整个技术的示意图如下:

    技术路线:

    image.png




  • 样品需求量:基因组DNA满足10-30 ng/μL,总量≥ 500 ng(10个反应)

    样本纯度:无色透明,OD260/280 = 1.8~2.0;OD260/230≥ 2.0

    样品完整度:琼脂糖电泳检测要求主条带清晰,无明显弥撒及拖尾,无RNA及蛋白污染

    样品保存和运输要求:-20°C保存,冰袋运输





  • image.png

    图 SNaPshot多重荧光基因型图




  • SNaPshot部分客户文章:

    英文标题

    中文标题

    杂志

    年份

    Mechanical force promotes dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1-mediated hydrolysis of the metabolite asymmetric dimethylarginine to enhance bone formation

    机械力促进二甲基精氨酸二甲氨基水解酶1介导的代谢产物不对称二甲基精氨酸的水解,以增强骨的形成

    Nature Communications

    2022

    Expression Quantitative Trait Locus rs6356 Is Associated with Susceptibility to Heroin Addiction by Potentially Influencing TH Gene Expression in the Hippocampus and Nucleus Accumbens

    表达数量性状位点rs6356可能影响海马和伏隔核TH基因的表达,从而与海洛因成瘾易感性相关

    Journal of Molecular Neuroscience

    2022

    GAD1 but not GAD2 polymorphisms are associated with heroin addiction phenotypes

    GAD1多态性与海洛因成瘾表型相关,而GAD2多态性与海洛因成瘾表型无关

    Neuroscience Letters

    2020

    TIMD4 rs6882076 SNP Is Associated with Decreased

    Levels of Triglycerides and the Risk of Coronary Heart

    Disease and Ischemic Stroke

    TIMD4 rs6882076 SNP与甘油三酯水平降低、冠心病和缺血性中风风险相关

    International Journal of Medical Sciences

    2019

    ANGPTL4 variants and their haplotypes are associated with serum lipid levels, the risk of coronary artery disease and ischemic stroke and atorvastatin cholesterol-lowering responses

    ANGPTL4变异及其单倍型与血脂水平、冠状动脉疾病和缺血性中风的风险以及阿托伐他汀降胆固醇反应相关

    Nutrition & Metabolism

    2018

    Genome-wide variants of Eurasian facial shape differentiation and a prospective model of DNA based face prediction

    欧亚人面部形状分化的全基因组变异和基于DNA的面部预测的前瞻性模型

    Journal of Genetics and Genomics

    2018





  • 1.SNaPshot是否可以对样本污染进行检测?

    答:可以,SNaPshot可以通过双峰的峰高比进行判读样本是否存在外源DNA污染。


    2.SNaPshot方法是否可以检测未知多态?

    答:可以,只要突变位点两侧序列已知,即可对目标位点碱基进行准确性检测。





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