全外显子组是基因组全部外显子区域的总和，对于人类来说，外显子组约占基因组的1%。全外显子组测序结合外显子组富集技术和二代测序技术，可以高效快速的获得待测样品所有已知基因的外显子及其邻近区域的序列及变异。相比于全基因组测序，全外显子组测序更加经济、高效，数据解读也更加简单。

技术路线：

技术优势：

•更加直接：外显子及邻近区域是基因功能和调控直接的体现；

•更加经济：以往20个基因外显子传统测序经费就可以成就您的全外显子组梦想；

•更加高效：快速完成传统测序方法无法想象的实验任务；

•昊为泰：每个样品免费提供“昊为泰二代测序数据验证试剂盒”验证结果，该试剂盒包含96个位于人类基因外显子组中的中国人群高频SNP位点，用于验证二代测序基本数据的可靠性。

样本类型：完整无污染的基因组DNA

样本浓度：浓度≥ 20 ng/μL

样本纯度：OD260/280介于1.8-2.0，OD260/230 ≥ 2.0

样本需求量：总量≥ 2 μg

数据分析内容：

结果展示：

图 肿瘤样本体细胞突变图谱

图 单个肿瘤样本的突变特征

Science ：LIMA1变异促进低血浆LDL胆固醇和减少肠道胆固醇吸收

在一个哈萨克族家系中部分成员具有明显更低水平LDL-C，利用全外显子测序发现、Sanger测序验证及全基因组连锁分析找到了LIMA1基因的杂合移码缺失突变LIMA1-K306fs与低水平的LDL-C相关。

在后续靶向测序的三个家系中发现了LIMA1基因的另一突变LIMA1-L25I与低水平LDL-C相关。尽管+/L25I个体的LDL-C水平不及+/K306fs的低，但是这些结果能够确定LIMA1基因的突变与低水平的LDL-C有关。

图 全外显子测序发现LIMA1-K306fs突变与更低水平的LDL-C相关

Neuron ：MYORG双等位基因突变引发常染色体隐性原发性家族性脑钙化症

首先选择了一个近亲婚配家系，对2个同胞患者（V7和V9）和一个同胞非患者（V5）进行全外显子测序，寻找纯合突变（下图家系1）。全外结果确定了5个可能的致病基因：DDX1、RABGAP1L、MYORG、ZCCHC6、TMEM2。对家系2的2个同胞患者（III4和III6）和一个同胞非患者（III5）进行全外显子测序，寻找纯合突变或者复合杂合突变（下图家系2）。全外结果确定了2个致病基因MYORG和SHISA6。

由于MYORG是唯一被确认为家系1和家系2共有的可能致病基因。研究者对剩余家系（8个隐性家系和3个遗传模式不明确的家系）的患者，进行了MYORG的目的区域测序。结果在另外4个隐性家系中确定了MYORG基因的纯合或者复合杂合突变（下图家系3-6）。

图 全外显子测序发现PFBC患者中MYORG突变

全外显子测序高分合作文章:

1.全外显子组测序和其他目标区域靶向测序中的测序深度、捕获效率和覆盖度各是指什么？有何意义？

答：全外显子组等目标区域靶向测序中的测序深度（Sequencing Depth）一般采用平均测序深度进行衡量，是指测序获得的总碱基数目与待检测区域大小的比值；捕获效率（Capture Specificity）是指比对到待测区域的有效序列占总序列的比例，其高低不影响数据质量，只影响数据的有效比例；覆盖度（Coverage Ratio）是指待测区域被序列覆盖到的比率，是多数研究者比较关心的指标。

2.全外显子组测序和其他目标区域靶向测序过程中的假阴性和假阳性问题？

答：假阴性的主要来源包括：1）富集的探针未能覆盖所有待测区域；2）测序的不均衡性，尤其在测序深度较低时，部分区域未能被覆盖；3）由于测序采用的是随机选取，存在较大的随机波动性，杂合子的比例会偏离1:1，当偏离较大或者测序深度低的时候，就可能会被遗漏；4）GC含量的影响。

假阳性的主要来源包括：1）测序的错误率较高，在测序深度较低时，容易造成错误判断；2）当存在重复序列、STR等容易造成假阳性位点；3）由于存在同源序列，部分测序读段（reads）被错误拼接；4）测序的随机性，导致两个等位基因被测到的次数偏离1:1，造成基因型判读出错。