技术服务
Technical Service
游离/外泌体RNA测序
  • 外泌体(exosome)是真核细胞向外分泌的微型囊泡,直径在30至120 nm之间,广泛存在于血液、尿液、唾液、脑脊液等体液中。血浆和外泌体类样本中的RNA除了含量较高的miRNA之外,还存在mRNA、lncRNA、circRNA等长链RNA,某些长链RNA与特定疾病具有较强的相关性,具有较高科研价值。

    该服务采用成熟的技术富集不同体液来源的外泌体,对体液或者体液中的外泌体组分进行RNA抽提、文库构建以及二代测序,可同时分析同一样本中的mRNA、lncRNA、circRNA,同时可以结合miRNA测序数据进行分析,明确不同转录本之间的共表达和相互调控关系。

    技术路线:

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    技术优势:

    Total RNA直接建库,保留了完整的RNA种类信息;

    链特异性文库,可以保留转录本的链信息,更准确检测反义RNA;

    可以联合miRNA数据,分析mRNA、lncRNA、circRNA以及miRNA的共调控关系。




  • 样品类型:无细胞DNA或RNA污染的、血浆类或者血浆外泌体类样本来源的Total RNA

    样品需求量:血浆样本Qubit microRNA检测,要求浓度 ≥ 1 ng/μL;总量 ≥ 20 ng;外泌体样本Agilent 2100 Bioanalyzer检测,要求浓度 ≥ 0.5 ng/μL;总量 ≥ 10 ng

    样品RNA片段分布:Agilent 2100 Bioanalyzer检测,要求< 200 nt片段占总RNA的比例>60%,且500nt~4000nt之间无明显可见片段




  • 数据分析内容:

    mRNA标准分析

    1)原始测序数据预处理;

    2)数据质量过滤;

    3)参考序列比对分析;

    4)mRNA表达量分析;

    5)mRNA差异表达分析;

    6)差异基因GO和KEGG富集分析;

    lncRNA标准分析

    1)原始测序数据预处理;

    2)数据质量过滤;

    3)参考序列比对分析;

    4)lncRNA表达定量;

    5)差异lncRNA靶基因预测;

    6)差异lncRNA靶基因GO和KEGG分析;

    7)新lncRNA预测;

    circRNA标准分析

    1)原始测序数据预处理;

    2)数据质量过滤;

    3)参考序列比对分析;

    4)circRNA识别分析;

    5)circRNA表达定量;

    6)circRNA差异表达分析;

    7)差异circRNA来源基因的GO和KEGG富集分析;

    8)差异circRNA的靶标miRNA预测;

    联合分析

    1)相互作用/调控关系网络分析(与miRNA-seq数据联合分析);

    2)ceRNA调控网络分析(与miRNA-seq数据联合分析);

    结果展示:

    表1 不同粒径颗粒的占比

    Diameter/nm

    Particles/mL

    FWHM/nm

    Percentage

    93.1

    4.3E+6

    49.5

    98.6

    37.8

    5.3E+4

    8.9

    0.4

    26.1

    3.5E+4

    2.6

    0.2

    433.9

    2.4E+4

    72.7

    0.3

    8.7

    5.6E+3

    1.6

    0.0

    image.png

    图 ZetaView检测血浆外泌体粒径分布

    左图为粒径与浓度分布图;右图为量测录像的影片截图

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    图 样本间差异表达的已知miRNA火山图

    image.png

    图 差异基因KEGG富集散点图





  • Molecular Cancer:外泌体circLPAR1通过METTL3-eIF3h相互作用抑制BRD4在结直肠癌诊断和肿瘤发生中的作用


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    为了表征结直肠癌中失调的环状RNA,对52对结直肠癌肿瘤和对照进行了RNA-Seq,观察到14221个环状RNA(图A)。在这些环状RNA中,大多数小于500 nt(图B),超过70%的环状RNA起源于蛋白质编码外显子,其次是内含子和基因间区(图C)。进一步筛选获得5个circRNAs在结直肠肿瘤组织中的表达与在对照中的表达相比显著降低(图D-E)。此外,使用exoRBase数据库对外泌体中的circRNAs进行了注释,发现了3个外泌体circRNAs(图F)。

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    图 组织circRNA表征及外泌体circRNA发现




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