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STR(Short Tandem Repeat)PCR检测是一种分子生物学技术,用于分析DNA中的短串联重复序列。这些短串联重复序列是DNA中的特定区域,通常由2到6个碱基对组成,如AGAT、TCTA等。由于它们在不同个体之间具有多态性,STR PCR成为了一种广泛用于人类身份鉴定、法医学、亲子鉴定和基因座分析等领域的工具。
STR PCR检测的基本原理是通过特定引物扩增目标DNA区域的STR序列,每个片段长度的不同,取决于STR序列的重复次数。这些产物可以通过毛细管电泳分离,并通过检测片段的长度来确定DNA样本中的STR特征。
STR PCR检测的高度复制性和高度特异性使其成为一种强大的DNA分析工具,天昊生物可以通过STR PCR分型实验,对候选区域排查、单基因疾病家系定位、杂合性缺失和微卫星不稳定检测等内容进行检测。
在候选区域排查应用方面:
在家系遗传的单基因疾病中有些表型一致或者类似的疾病已经有相关文献报道,所以为了经济有效的开展家系单基因疾病的连锁研究,我们首先要在文献报道的候选基因附近利用高度多态的STR位点为标记进行候选区域的排查,从而进一步确定导致该疾病的基因和突变是否可能与已有的文献报道一致。
技术方法:
候选区域的排查主要是利用荧光标记的PCR引物对多个微卫星多态位点进行扩增,然后采用高分辨率胶电泳(如用于测序的毛细管电泳等)对扩增片断进行分离,通过荧光检测系统(如ABI测序仪)确定扩增片断的长度,实现对微卫星多态位点的分型。得到的数据进行家系连锁分析,根据各个位置的LOD值肯定或排查候选基因。其主要特点为能检测出倒位,大片段缺失等测序无法检测出的情况,能快速方便准确的确定导致该疾病的基因和突变是否可能与已有的文献报道一致,为家系连锁研究提供有利的证据,并提示进一步的研究策略方向。
应用领域:
单基因突变导致的家系遗传疾病;表型可以明确分辨;有一定数量的有效家系样本个数,根据资料已知可能导致该疾病的一些定位区域或者致病基因。
• 候选区域的STR位点的设计、合成和优化
• STR分型实验。
• STR分型结果判读。
• 根据家系进行连锁分析。
结果示例:
COL1A1基因附近的4个STR位点分型图:
连锁分析结果:
1. STR PCR反应产生较少的DNA片段怎么办?
答:增加引物浓度、优化反应条件(如温度和时间)、检查DNA质量和浓度,或尝试不同的DNA聚合酶。
2. 出现非特异性产物情况如何解决?
答:使用更特异的引物、优化引物浓度和PCR条件、增加退火温度等,以提高特异性。
3. PCR可能无法成功扩增目标DNA序列怎么办?
答:检查DNA质量和纯度,确保引物设计正确,优化PCR条件,或重新提取DNA。
4. 结果显示污染如何解决?
答:使用消毒的实验室用具、分开样本处理区域,进行负对照,定期更换PCR试剂。
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