昊为泰生物多年专注于深耕遗传学和基因组学等领域科研特色技术的开发,不断跟进国际先进的科研成果及技术发展,创新研发了许多特色专利技术和领域内前沿的检测服务项目,受到广大专业科研用户的认可和好评。
甲基化是一种非常重要的表观遗传学标记信息,参与了包括基因调控、生物发育、疾病发生等多种生物学过程。除了全基因组水平的甲基化研究,对于众多目的基因的甲基化研究则更有针对性和大样本可行性。使用亚硫酸氢盐处理DNA后,天昊生物结合目的区域富集和二代测序技术,推出自主研发的多重目的区域甲基化富集测序技术——MethylTarget®,在大幅度降低研究费用的同时实现个性化目的区域甲基化富集测序。
技术路线:
技术优势:
•基于二代测序,可以获得目标区域内所有C碱基的甲基化数据;
•1000×的测序深度,精确计算每个C碱基的甲基化程度;
•通量高,可同时对成百上千个区域进行甲基化程度分析;
•适用于大样本多区域的DNA甲基化水平检测。
样本类型:完整无污染的基因组DNA
样本浓度:浓度≥ 20 ng/μL
样本纯度:OD260/280介于1.8-2.0,OD260/230 ≥ 2.0
样本需求量:总量≥ 1 μg(满足70个目的片段测序)
数据分析内容:
1) 原始测序数据质控 2) 参考基因组比对 3) 原始甲基化位点信息 4) 整体甲基化程度分析 5) 甲基化差异位点分析 6) 甲基化位点性状关联分析 7) 甲基化单倍型分析 8) 基因/区域甲基化程度差异分析 |
图 数据分析流程
结果展示:
图 PCA图颜色区分样本组
图 不同片段平均甲基化程度箱线图
Molecular Therapy:lncRNA TUG1介导的新调控机制网络诱导子痫前期螺旋动脉重构损伤
子痫前期(PE)与产妇和胎儿围产期的发病率和死亡率有关,它带来了巨大的痛苦,并在全世界造成了经济负担。子宫螺旋动脉重塑的失败可能与滋养层细胞功能异常有关,并导致PE的发生和发展。长链非编码RNA(lncRNA)异常表达与子宫螺旋动脉重构失败有关。然而,在PE中lncRNA表达的调控还不明确。该研究报道了缺氧诱导的miR-218通过靶向FOXP1抑制lncRNA TUG1的表达。进一步的RNA测序和机制分析显示,沉默TUG1通过与细胞核中的SUV39H1结合,增加了DNA去甲基化酶TET3和增殖相关的DUSP家族,包括DUSP2, DUSP4和DUSP5的表达。此外,TUG1通过TET3介导的表观遗传机制在体外调控DUSP家族。综上所述,当前研究结果揭示了一个由TUG1介导的新的调节网络,它是PE发病机制的基本决定因素,调节细胞生长,并可能调控其他疾病的发生和发展。
图 TET3依赖的DUSP家族表观遗传调控
Theranostics:GNA14高甲基化及其在乙肝病毒相关肝癌中的抑癌作用
为了探究GNA14在TCGA中的甲基化状态,使用Shiny methylation Analysis Resource Tool(SMART)进行分析。结果发现GNA14的三个探针(ch9.991104F,cg12687527和cg17301902)在肿瘤组织中显示出甲基化上调(图A)。另外TCGA数据显示GNA14甲基化水平和mRNA水平呈负相关(图B),而且GNA14高甲基化与HCC预后差相关(图C)。
利用METHPRIMER分析GNA14启动子区域发现两个明显的CpG岛,对12对HCC样本检测这两个CpG岛的甲基化水平,通过DNA甲基化测序发现其中一个CpG岛(基因组区域80262823-80262968)在肿瘤中呈高甲基化(图D)。GNA14 mRNA表达水平与DNA甲基化测序区域的甲基化水平同样呈现显著负相关(图E)。肝癌细胞株(SK-Hep-1,HCCLM3,Hep3B和PLC/PRF/5)和正常肝细胞株(L02,HepLi5)也用于甲基化水平检测。甲基化测序结果显示,与正常肝细胞相比HCC细胞甲基化状态上调,特别是在SK-Hep-1、Hep-3B和PLC/PRF/5细胞中(图F)。
图 HCC中GNA14高甲基化导致其表达下调
目的区域甲基化富集测序高分文章:
英文标题 | 中文标题 | 杂志 | 年份 |
A multiplex blood-based assay targeting DNA methylation in PBMCs enables early detection of breast cancer | PBMC中靶向DNA甲基化的多重血液检测能够实现乳腺癌早期诊断 | Nature Communications | 2023 |
DNA methylation-based testing in peripheral blood mononuclear cells enables accurate and early detection of colorectal cancer | 基于DNA甲基化的外周血单个核细胞检测能够准确、早期诊断结直肠癌 | Cancer Research | 2023 |
DNA hypermethylation-induced miR-182 silence targets BCL2 and HOXA9 to facilitate the self-renewal of leukemia stem cell, accelerate acute myeloid leukemia progression, and determine the sensitivity of BCL2 inhibitor venetoclax | DNA高甲基化诱导miR-182沉默,上调靶基因BCL2和HOXA9,促进白血病干细胞自我更新,从而加速AML进展,并确定BCL2抑制剂维奈托克的敏感性 | Theranostics | 2023 |
The impact of HTR1A and HTR1B methylation combined with stress/genotype on early antidepressant efficacy | HTR1A和HTR1B甲基化结合应激/基因型与抗抑郁疗效相关 | Psychiatry and Clinical Neuroscience | 2022 |
Combined HTR1A/1B methylation and human functional connectome to recognize patients with MDD | 联合HTR1A/1B甲基化和人类功能连接组识别MDD患者 | Psychiatry Research | 2022 |
DNA hydroxymethylation reprogramming of β-oxidation genes mediates early-life arsenic-evoked hepatic lipid accumulation in adult mice | β-氧化相关基因羟甲基化重塑介导了成年小鼠早期砷诱发的肝脏脂质积累 | Journal of Hazardous Materials | 2022 |
DNA methylations of brain-derived neurotrophic factor exon VI are associated with major depressive disorder and antidepressant-induced remission in females | 脑源性神经营养因子第六外显子的DNA甲基化与女性的重度抑郁症和抗抑郁剂治疗的疾病缓解有关 | Journal of Affective Disorders | 2021 |
Association between methylation of BIN1 promoter in peripheral blood and preclinical Alzheimer’s disease | 外周血中BIN1启动子的甲基化与临床前阿尔茨海默病的关系 | Translational Psychiatry | 2021 |
Rheumatoid arthritis-associated DNA methylation sites in peripheral blood mononuclear cells | 外周血单核细胞中类风湿关节炎相关的DNA甲基化位点 | Annals of the Rheumatic Diseases | 2018 |
Combined effects of progesterone and SOCS3 DNA methylation on T2DM: a case-control study | 黄体酮和SOCS3 DNA甲基化对T2DM的联合作用:一项病例对照研究 | Clinical Epigenetics | 2021 |
Identification and validation of prognosis-related DLX5 methylation as an epigenetic driver in myeloid neoplasms | 髓系肿瘤中与预后相关的DLX5甲基化作为表观遗传驱动因素的鉴定和验证 | Clinical and Translational Medicine | 2021 |
Genome-wide methylation sequencing identifies progression-related epigenetic drivers in myelodysplastic syndromes | 全基因组甲基化测序鉴定骨髓增生异常综合征进展相关的表观遗传驱动因素 | Cell Death & Disease | 2021 |
The relationship between PRDM16 promoter methylation in abdominal subcutaneous and omental adipose tissue and obesity | 腹部皮下和网膜脂肪组织中PRDM16启动子甲基化与肥胖的关系 | Clinical Nutrition | 2021 |
Identification and validation of obesity-related gene LEP methylation as a prognostic indicator in patients with acute myeloid leukemia | 肥胖相关基因LEP甲基化作为急性髓性白血病患者预后指标的鉴定和验证 | Clinical Epigenetics | 2021 |
DNA Methylation Patterns in the HLA-DPB1 and PDCD1LG2 Gene Regions in Patients with Autoimmune Thyroiditis from Different Water Iodine Areas | 不同水碘区自身免疫性甲状腺炎患者HLA-DPB1和PDCD1LG2基因区DNA甲基化模式 | Thyroid | 2021 |
Deoxyribonucleic acid methylation signatures in sperm deoxyribonucleic acid fragmentation | 精子脱氧核糖核酸断裂中的DNA甲基化特征 | Fertility and Sterility | 2021 |
1.目的区域甲基化验证主要选择基因的哪些区域呢?
答:通常情况下我们还是优先考虑候选基因启动子的CpG岛区域,当然针对研究的需要也可以纳入其它区域进行甲基化检测。
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