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全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)是基于重亚硫酸盐处理的甲基化分析方法,首先通过重亚硫酸盐对样本DNA进行处理,将未甲基化的C碱基转化为U碱基,而甲基化的C碱基不会改变,进行PCR扩增后U碱基会变成T,与原本甲基化的C碱基区分开,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。
技术路线:
技术优势:
•可精确分析每一个C碱基的甲基化状态;
•可在全基因组水平上大限度的获取完整的甲基化信息,精确绘制全基因组甲基化图谱;
•适用于所有具有参考基因组的物种,性价比高,相对于传统BSP或MSP方法费用少。
样品纯度:OD 260/280值应在1.7~2.0 之间,无明显降解;RNA 去除干净
样品浓度:低浓度不低于50ng/µl
样品总量:每个样品总量不少于2µg
样品溶剂:要溶解在蒸馏水或TE (pH 8.0)中
数据分析内容:
1) 原始测序数据质控 2) 参考基因组比对 3) 原始甲基化位点信息 4) 整体甲基化差异分析 5) 甲基化差异位点分析 6) 甲基化差异区域分析 7) GO和KEGG富集分析 |
图 数据分析流程
结果展示:
图 DMRs所在基因元件区域信息统计
图 差异甲基化区域上各DMS位点的甲基化值点线图
图 基因GO富集条形图
1.全基因组甲基化测序可以与哪些组学联合进行相关研究?
答:全基因组甲基化测序作为表观组学中真正意义上全范围甲基化检测的技术,可以与全基因组/外显子组测序/GWAS芯片整合分析遗传变异对于甲基化修饰的影响;可以联合转录组测序分析甲基化修饰对于基因表达的影响;可以联合其它表观方向如组蛋白修饰、染色质可及性分析整个表观调控图谱。
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