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【昊工具】RNA m6A甲基化修饰相关数据库,都是干货!


原创 上海天昊生物 

RNAm6A修饰研究,价格不菲,关键样品的损耗量也大。如何能在做实验前做点数据挖掘工作,少走点弯路呢?今天,小编为大家介绍几款RNA m6A


●  网址:http://m6avar.renlab.org
●  开发团队:中山大学超级计算机学院的任间教授
●  参考文献:Zheng YY, Nie P, Peng D, He ZH, Liu MN, Xie YB, Miao YY, Zuo ZX* and Ren J*. m6AVar: a database of functional variants involved in m6A modification.Nucleic Acids Research. 2018; 46(D1): D139-145.
●  功能: m6Avar数据库注释了414,241 m6A相关变异位点,包括dbSNP 来源的352,014 m6A-associated germline mutationsTCGA来源的 62,227 m6A-associated somatic mutations. 详细介绍请点击链接:【昊工具】m6AVar数据库:又一个热点,前沿的宝藏数据库甲基化研究常用(而且打得开)的数据库,请果断收藏!


●  网址:http://www.xjtlu.edu.cn/biologicalsciences/atlas
●  开发团队:西交利物浦大学孟佳教授团队
●  参考文献:Tang Y, Chen K, Song B, Ma J, Wu X, Xu Q, Wei Z, Su J, Liu G, Rong R, Lu Z, de Magalhães JP, Rigden DJ, Meng J. m6A-Atlas: a comprehensive knowledgebase for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome. Nucleic Acids Res. 2020 Aug 21:gkaa692. doi: 10.1093/nar/gkaa692. Epub ahead of print. PMID: 32821938.
●  数据库功能:N6-甲基腺苷(n6-methyladenosine,m6A)是目前mRNA和lncRNA上最普遍的RNA修饰,在各种生物过程和疾病发病过程中起着举足轻重的作用。m6A-Atlas是一个全面高可信度数据库,用于解读m6A表观遗传组。(1)收集了从7种碱基分辨率技术中鉴定的442162个高置信度m6A位点,并从1363个高通量测序样本中估算出定量(而非二元)的表转录组谱。(2)收录人、小鼠、黑猩猩等7种脊椎动物m6A位点情况,以及HIV、KSHV、DENV等10种病毒的m6A图谱情况。(3)由表观转录组数据预测各个m6A位点的生物学功能,以及由疾病相关的基因突变推断m6A位点的潜在发病机理。(4)对m6A位点进行转录后机制注释(RBP结合、microRNA相互作用和剪接位点),同时提供多种RNA修饰的图谱数据。


 

数据库主页搜索功能:
 


 

让我们搜索MTHFR基因作为示例:


 

MTHFR基因有7m6A修饰位点,每个位点的注释信息包括了基因组位置,基因位置,来源文章ID,检测技术,细胞系/组织,是否有对应SNP编号,是否处于RNA结合蛋白结合区,是否处于剪切区域,是否属于GWAS位点,是否存储于突变数据库等。



 

 
搜索位点的统计情况(技术类型占比和样本类型占比)


 

点击某个m6A位点查看细节:


 

    a:基因基本信息


 
    b:甲基化水平(这里显示了所有样本的甲基化修饰水平,可以在红框内选样本类型,绿框内选择处理方法)


 

    c:基因表达数据


 

    d:位点保守性情况


 

    e:位点附近的其他RNA修饰情况和转录后调控信息


 

    f:位点注释信息(RBP信息,转录因子结合信息,染色质可接近信息等)


 

    g:GO功能信息


数据库主页工具:
(小编发现这个模块也很好用)

    (1)可以用来分析自己数据中的m6A位点保守性情况



 

    (2)在线进行差异m6A图谱分析




●  网址:http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/
●  开发团队:中山大学生命科学学院屈良鹄教授团队
●  参考文献:RMBase v2.0: Deciphering the Map of RNA Modifications from Epitranscriptome Sequencing Data. Jia-Jia Xuan, Wen-Ju Sun, Ke-Ren Zhou, Shun Liu, Peng-Hui Lin, Ling-Ling Zheng, Liang-Hu Qu*, Jian-Hua Yang*.
●  数据库功能:RMBase v2.0整合了大量的表观转录组测序数据,探索RNA的转录后修饰,以及它们与microRNA结合、疾病相关SNPsRNA结合蛋白(RBP)的关系。RMBase v2.0扩展了566个数据集,包括来自47项研究13个物种的1 397 244个修饰位点,比上一版本扩展了约10倍。它包含约1 373 000N6-甲基腺苷(m6A)修饰位点信息、5 400N1-甲基腺苷(m1A) 修饰位点信息、9 600个假尿苷(Ψ) 修饰位点信息、1 0005-甲基胞嘧啶(m5C) 修饰位点信息、5 1002′-O-甲基化(2′-O-Me)和约2 800个其他100种类型的修饰。

 
数据库主页:
 


 

  • 搜索m6A位点:列表形式搜索


 

  • 搜索m6A相关突变或者多态:


 
  • 搜索RNA结合蛋白的结合位点:




 

以上数据库都可进行原始数据下载,进行组学研究更方便,
需要的小伙伴别忘记收藏此文哦~~

 

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