咨询热线:400-065-6886   天昊基因

中文 / English

主页 > 技术支持 > 科研进展 >

原来靶向代谢组+它才是黄金搭档,现在知道还不晚!


上海天昊生物
近年来,随着研究的深入,与表型联系紧密的代谢组学得到越来越广泛的应用,目前发现很多代谢物与特定疾病密切相关,例如短链脂肪酸与肠道疾病、代谢类疾病以及神经系统疾病;TMAO与心血管疾病;胆汁酸与肝胆疾病以及精神疾病;神经递质与神经系统疾病以及肠道疾病;氨基酸与精神疾病以及免疫疾病密切相关,基于此背景,目前针对特定疾病肠道菌群的研究模式已经由单一的微生物组测序向肠道菌群-疾病相关特定代谢物-宿主的多层次研究模式转变,打个比方,如果想研究心血管疾病与肠道菌群的关系,从技术手段上来说可以采用扩增子测序或宏基因组测序(筛选组间差异微生物)+心血管疾病相关代谢物(TMAO)靶向代谢组(筛选组间差异TMAO)这样精准到位的联合方案,当然也可以采用扩增子测序或宏基因组测序(筛选组间差异微生物)+非靶向代谢组(广泛筛选组间差异代谢物)+靶向代谢组(验证组间差异代谢物)这样逐级验证的联合方案,但是不管怎样,非靶标代谢组因为只能对代谢物进行相对定量检测,所以只能作为初步筛选的工具,而靶向代谢组因其可做到绝对定量才是点睛之笔,因此其也是代谢组高分文章的必备工具,但是需要注意的是靶向代谢组可以做到精准定量,那么与之联合的微生物组测序也必须做到绝对定量才可以使最终得到的代谢物-菌群相关性分析结论是真实可靠的,如果代谢物是绝对定量分析,微生物是相对定量分析,就会因为微生物相对定量分析可能造成的假因果导致最终的相关性结论有可能存在错误,因此,我们强烈推荐基于物种绝对定量(天昊扩增子绝对定量测序)和代谢物绝对定量(靶向代谢组)进行相关性分析,下面我们就给大家展示一下我们推荐的理由。
 

 

 
 
 
 

技术原理类似

 
 
 
 

◆靶向代谢组:该方法是向样本中加入标准品,进行代谢组检测,再根据标准品浓度和峰面积绘制标准曲线,然后基于标准曲线将目标代谢物的峰面积转化为浓度,从而得到样本中代谢物的绝对浓度。

◆扩增子绝对定量测序:该方法通过向样品中加入标准品,进行扩增子测序,再根据标准品序列的序列数及其16S rRNA绝对拷贝数绘制标准曲线,然后基于标准曲线将样品中物种的序列数转化成16S rRNA基因拷贝数,从而得到样本中物种的绝对丰度。



 

小结:从以上描述可以看出,两种技术都是基于添加标准品,构建标准曲线,基于标准曲线得到微生物或代谢物的绝对丰度或浓度,原理类似,都能够进行绝对定量分析。

 

 

 

 
 
 
 

检测样本重叠

 
 
 
 

靶向代谢组:常见样本类型包括体液(血清、血浆、唾液、痰液、肺泡灌洗液、生殖道液、瘤胃液、胆汁、尿液、脑脊液等);常见组织(肠黏膜组织、肝脏、胆囊、心脏、肾脏、脑、肌肉、胸腺、子宫内膜、脂肪等);粪便、肠道内容物、粪便发酵液、堆肥;细胞;牛乳、酸奶、酒糟等;植物叶片、根、果实、种子、花等;土壤、污泥、污水、海水、沉积物。

扩增子绝对定量测序:常见样本类型包括粪便、肠道内容物、粪便发酵液、堆肥;体液(唾液、痰液、肺泡灌洗液、生殖道液、瘤胃液等);组织(肠黏膜组织等);牛乳、酸奶、酒糟等食品样本;土壤、污泥、污水、海水、沉积物等。

小结:从以上描述可以看出,靶向代谢组样本检测范围是涵盖了扩增子绝对定量测序样本检测范围的,没有重叠的样本主要是其所含有的微生物量较低,不易进行扩增子绝对定量测序,例如血清、血浆,实际上以上样本也不是微生物组其它技术(例如宏基因组)检测的常见样本类型,因为这些样本中的代谢物有相当一部分来自于肠道菌群的代谢产物,所以这些样本的代谢物往往和肠道菌群而不是和这些样本自身菌群进行相关性分析,这种联合可以研究肠道菌群和宿主的互作关系。


通过以上的总结,我们可以看出靶向代谢组和天昊创新型扩增子绝对定量测序技术高度契合,在未来的肠道菌群-代谢物-宿主研究中我们可以将两者搭配使用,从而可以获得更加真实可靠的结果。

 

 




 各位看官读完上述文章,如果有联合开展靶向代谢组+扩增子绝对定量测序的想法,那就请联系天昊生物吧!天昊生物是国内唯一一家提供 “微生物16S扩增子绝对定量测序”技术的服务商,同时天昊生物在短链脂肪酸类、中长链脂肪酸类、TMAO类、氨基酸类、神经递质类等靶向代谢组检测方面也具有很丰富的经验,欢迎联系我们具体咨询。

代谢组相关链接:

1.干货 | 代谢组样本采集方法集萃(一)

2.代谢组入门一问一答(三)

3.代谢组入门一问一答(二)

4.代谢组入门一问一答(一)

5.Microbiome:肠道菌群ClpB基因功能与减肥和特征性微生物群有关

6.Nature Microbiology:N-酰基乙醇胺可以使健康肠道菌群转化成类似IBD患者肠道菌群

7.mSystems:自闭症儿童肠道谷氨酸代谢的变化与肠道微生物组成变化相关

8.[昊阅读] 肠道菌群失调导致高血压的发生

扩增子绝对定量测序相关链接:

1.常见微生物绝对定量技术集合,收藏了!

2.微生物绝对定量研究知多少

3.相对丰度会歪曲实际丰度,联合16S扩增子测序和总菌qPCR获得的绝对丰度可靠吗?

4.Nature Microbiology:火眼金睛,肠道菌群绝对定量分析擒“真凶”!

5.喜讯!天昊生物16S扩增子绝对定量测序项目文章再次登陆《Science of the Total Environment》

6.又一篇!天昊生物微生物16S扩增子绝对定量测序技术再发好文

7.祝贺!天昊生物16S扩增子绝对定量测序技术助力客户登陆Science of the Total Environment

8.Nature:要想真正研究宿主-肠道微生物的相互作用,必须将相对定量变成绝对定量

9.The ISME Journal:为什么微生物相对定量不能代替绝对定量

10.专属含PCR抑制剂的环境样本微生物拷贝数定量的最佳解决方案!

11.鱼和熊掌不可兼得?不,两者我都要!

12.浅谈:论微生物绝对定量VS相对定量的优越性

13.微生物绝对定量or相对定量,你选对了吗

 

咨询沟通请联系

18964693703(微信同号)

创新基因科技,成就科学梦想

 

微信扫一扫
关注该公众号

 

 




上海天昊生物科技有限公司 版权所有 沪ICP备17008908号
地址:上海市浦东新区康桥路787号9号楼 邮箱:techsupport@geneskies.com 电话:400-065-6886