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【绘图进阶】之带连线的箱体图绘制(8)


生信团 上海天昊生物 
 
上回我们使用ggpaired包绘制成对样品(2组)的箱体图,但ggpaired只能绘制2个箱体图,有老师希望能绘制连续时间上物种的变化。这里,我们展示4组之间的箱体图绘制结果。
 

加载R包


In [1]:
library(ggplot2)

 

数据读取


read.table读取文件,head查看文件头部
In [2]:
data = read.table('alpha.diversity.index.xls',header = T,sep = '\t',row.names = 1)
head(data)

Out[2]:



 


查看文件列名
In [3]:
rownames(data)

Out[3]:
'A1' 'A2' 'A3' 'A4' 'A5' 'A6' 'B1' 'B2' 'B3' 'B4' 'B5' 'B6' 'C1' 'C2' 'C3' 'C4' 'C5' 'C6' 'D1' 'D2' 'D3' 'D4' 'D5' 'D6'

In [4]:
apply(data,2,sum)

Out[4]:



 

 

 

绘图


In [5]:
apply(data,2,function(x){ df = data.frame(x,group=rep(c('A','B','C','D'),each = 6),sub_group=as.factor(rep(1:6,times = 4)))
     ggplot(data = df,aes(x=group,y=x,fill=group)) +
     geom_boxplot() +
geom_point(aes(colour=sub_group),size=4) +
     geom_line(aes(group=sub_group,colour=sub_group) ,size=0.8,) })

Out[5]:



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作者:大熊

审核:有才

来源:天昊生信团

 

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