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3分钟学会微生物多样性云平台数据分析


天昊生物微生物云平台GS-Online是由上海天昊生物构建,主要用于数据测试分析、修改样品名及分组信息的重分析、剔除OTU的分析。

文章导读

一、数据准备
    1. 将文件拷贝至新文件夹下
    2. 文件选择
        必须文件
        可选文件
    3. 确认文件是否是文本文件
二、数据修改
    1. 修改分组名(最常见)
    2. 改样品名(比较少见)
三、数据提交
    1. 登录
    2. 新建项目
    3. 新建分析,并从本地上传数据
四、查看运行与数据下载
    1. 查看进展
    2. 数据下载
    3. 结果查看

 

数据准备

 


数据分析完成后,我们会将分析结果以邮件的形式发送给客户。解压后如上图所示。云平台分析所需的文件均在其中。


1. 将文件拷贝至新文件夹下


subsample_otu.tax.0.03.xls、subsample_otu.repseq.fasta.tre 来自OTU目录下;
cog_for_stamp.txt、kegg_for_stamp.txt 分别来自PICRUSt 目录下的level_2和level_3目录下。cog仅有level2水平,kegg有level3水平。

2. 文件选择
必须文件
subsample_otu.tax.0.03.xls、subsample_otu.repseq.fasta.tre、sample_groups.xls 文件为必须文件,仅提交这3个文件,会运行AlphaDiversity、BetaDiversity和Community分析
可选文件
env.xls文件添加,则新增EnvironmentFactors 分析
cog_for_stamp.txt和kegg_for_stamp.txt文件添加,则新增PICRUSt分析。

3. 确认文件是否是文本文件
使用记事本方式打开,确认有没有乱码。有乱码则不是文本文件(通常是excel文件),需要重新存为文本文件。

 

数据修改


1. 修改分组名(最常见)


打开sample_groups.xls,A列为样品名,B列为组名。直接修改B列组名后保存并关闭,用记事本方式打开看是否乱码。或者修改后复制到新建的记事本文档中,将该新建的文档作为上传的分组文件。

2. 修改样品名(比较少见)
除subsample_otu.repseq.fasta.tre文件外,其他文件均需要修改。修改后的文件仍需要是文本文件。

 

数据提交


1. 登录
http://cloud.geneskybiotech.com/login.html ,账号密码获取,可联系qq管理员(文末扫二维码入群)。


2.新建项目


3. 新建分析,并从本地上传数据


填写分析名称,从本地上传数据,点击运行。

 

查看运行与数据下载


1. 查看进展


如出现其他情况,查看输入数据是否是文本格式。


2. 数据下载
点击查看项目状态,若出现链接,则分析完成。点击链接查看或下载分析结果。


3. 结果查看

 

 

 

.

END

 

 

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作者:大熊

审核:有才

来源:天昊生信团

 

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