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TCGA肿瘤数据库表达-甲基化联合挖掘神器又来了



    TCGA肿瘤数据库的挖掘工具不断推陈出新,最近小编又发现一个神器,好用又不失严谨和规范,快和小编一起来了解下吧!

数据库名称:Wanderer


    数据库网址:http://maplab.imppc.org/wanderer/
数据库介绍:Wanderer是一个以基因为中心的交互式 web 查看器,可用于检索基因在TCGA数据库不同肿瘤类型中的DNA 甲基化和基因表达情况 (图片可下载,可用于发表)。
参考文章:Díez-Villanueva, Anna, Mallona I , Peinado M A . Wanderer, an interactive viewer to explore DNA methylation and gene expression data in human cancer[J]. Epigenetics & Chromatin, 2015, 8(1):22.
示例:检索PTEN基因在BRCA肿瘤中的甲基化和表达情况 (基因区域共65个甲基化探针)
●    不同位置探针甲基化水平的可视化
 

●    甲基化和表达量相关性的可视化
 

●    甲基化和基因表达按统一模式呈现(图片来源于文章)
 




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