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【昊工具】一波私藏的2019年度分子生物学数据库,送给大家~~(敲重点:全部中国制造!)


1.    AWESOME
 


●   功能描述:SNP对翻译后修饰事件的调控作用,预测单核苷酸多态性(SNP)是否具有获得/丧失蛋白质翻译后修饰(PTM)位点的功能
●   网站:http://www.awesome-hust.com ()
●   内容


●   页面展示:搜索TP53基因获得的SNP结果
 

●   参考文章:Yang, Y., et al., AWESOME: a database of SNPs that affect protein post-translational modifications. Nucleic Acids Res, 2019. 47(D1): p. D874-d880.(华中科技大学同济医学院公共卫生学院
 
2.      CellMarker

●   功能描述:细胞marker数据库(单细胞研究必备)。
●   网站:http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/
●   内容:
    CellMarker数据库,旨在为人类和小鼠组织中的各种细胞类型提供全面而准确的细胞标记资源。通过手动整理100,000篇+已发表的论文,记录了4,124个条目,包括细胞标记信息,组织类型,细胞类型,癌症信息和来源。最后,收集了158个人组织/亚组织中的467个细胞类型的13,605个细胞标记物和81个小鼠组织/亚组织中的389个细胞类型的9,148个细胞标记物,并将其保存在CellMarker数据库中。 CellMarker数据库可浏览,搜索和下载不同组织的不同细胞类型的标记。
●   页面展示
 

●   参考文章:CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Research. 2018 (哈尔滨医科大学)
 
3、      EVmiRNA


●   功能描述:细胞外囊泡miRNA数据库(EVmiRNA)
 

●   网站:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA
●   内容:活细胞释放的细胞外囊泡(EV)包括外来体和微泡(MV),其含有来自亲代细胞的各种分子,并且是疾病诊断和治疗生物标志物的潜在来源。 miRNA是EV中分析最多的分子类型,因为它具有重要的功能和生物标记特性。因此,我们构建了细胞外囊泡miRNA数据库(EVmiRNA)以收集EV中的综合miRNA表达谱。在EVmiRNA数据库中,我们分析了来自17种组织/疾病的EV的462个miRNA测序数据集。显示miRNA表达谱,miRNA调节途径,miRNA功能,miRNA相关药物和发表文章以支持miRNA生物标志物发现。
●   页面展示:
简单友好的搜索界面(搜样本/miRNA)



 
---搜索hsa-miR-99b-5p的结果展示





 
---搜索Exosomes from B-lymphoblastoid cell 的结果展示


●   参考文章:Liu T, Zhang Q, Zhang J, Li C, Miao YR, Lei Q, Li Q, Guo AY. EVmiRNA: adatabase of miRNA profiling in extracellular vesicles. Nucleic Acids Res.2018 Oct 18. doi: 10.1093/nar/gky985. [Epub ahead of print] PMID: 30335161(华中科技大学)
 
 



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