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【科研小助手】BioJupies:基于云的RNA-seq数据分析交互式笔记本的自动生成新方法



        交互式笔记本可以使生物信息学数据分析更加透明、易于访问和可重复使用。然而,创建笔记本需要计算机编程专业知识。最近的一项研究成果,提供了一个网络服务器,命名为BioJupies,它能够自动创建、存储和开展包含RNA序列数据分析的Jupyter笔记本(一款开放源代码的 Web 应用程序)。


 
发表期刊:Cell Systems 发表时间:2018-11-14 影响因子:8.982
 
        BioJupies通过直观的界面,新手用户可以快速生成定制的报告来分析和可视化他们自己的原始测序文件、他们的基因表达表,或者从超过5500份包含超过250000份预处理RNA-seq样本的已发表研究中获取数据。生成的笔记本有整个管线的可执行代码、丰富的文本、交互式数据可视化以及差异表达和富集分析。笔记本永久存储在云中,并通过URL在线使用。笔记本是可下载的、可定制的,可以在Doker容器中运行。通过为RNA序列数据分析提供直观的笔记本生成用户界面,从原始reads开始,一直到完整的交互式和可再现的报告,这些都使得BioJupies成为实验和计算生物学家的有用资源。
        网址:https://amp.pharm.mssm.edu/biojupies/ http://biojupies.cloud

 
 
BioJupies笔记本生成工作流的示意图
 
        用户首先将RNA序列数据上传到BioJupies网站上,或者从数以千计的公开数据集中进行选择。如果提供了原始FASTQ文件,则使用基于云的比对管线来对每个基因的表达水平进行量化。用户随后选择要用于分析数据的工具和参数。最后,服务器生成具有所需设置的Jupyter笔记本,并通过持久URL向用户返回报告。
 

 
网站首页
具体操作步骤:
1、上传或获取RNA序列数据
       上传你的原始或处理过的RNA-seq数据
        获取> 8000个公开发表在基因表达综合数据库中的RNA-seq数据集
2、选择数据分析工具
        可选择多种最先进的RNA-seq数据分析工具
        将个人设计的计算工具作为插件
3、建立个人的笔记本
        通过永久URL来访问和共享个人结果
        下载、重新运行、并使用Doker定制个人笔记本
 

 
BioJupies中可用的RNA-seq数据分析插件列表
 
 
 
       最初的BioJupies工具箱包括14个分析RNA序列数据的插件,分为四类,涵盖所有常见RNA-seq分析项目。
 
补充视频材料(需要翻墙):
        Supplementary Video 1. Uploading and aligning raw RNA-seq data using BioJupies.
        https://www.youtube.com/watch?v=mZR02DCv8RE
        Supplementary Video 2. Generating a notebook using the BioJupies website.
        https://www.youtube.com/watch?v=FpeGHhTm9Hg
        Supplementary Video 3. Exploring the contents of a BioJupies notebook.
        https://www.youtube.com/watch?v=dApCOur2Bbo
        Supplementary Video 4. Generating a notebook using the BioJupies Chrome extension.
        https://www.youtube.com/watch?v=164zkRKsC18
 
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