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 天昊客户动植物叶绿体/线粒体测序文章发不停
 


        近期,天昊客户在动植物叶绿体/线粒体测序领域持续发力,SCI文章不断。仅以Springer出版社发行的生物遗传多样性保护领域SCI期刊--《Conservation Genetics Resources》这一种杂志为例,在短短的一年多时间里,用“Genesky”(“天昊”英文名称)关键词搜索到天昊客户发表的文章就多达7篇,研究对象涉及落叶松、植物药材乌头、红豆杉、高山马先蒿、四叶紫菀、粗榧等。再结合过去几年公司承接的同类项目百余项,客户发表文章40多篇,累计影响因子60余分,这些成绩的取得无不突显了天昊生物在动植物叶绿体/线粒体测序项目中的技术及服务优势。

 
 

        Springer出版社发行的《Conservation Genetics Resources》期刊网站首页


 
        天昊客户近期在《Conservation Genetics Resources》上发表的动植物叶绿体测序文章列表
        下面就以2018年3月最新发表的中国粗榧为例,跟小编一起看一看文章的基本研究内容。


 
文章题目:Characterization of the complete chloroplast genome of Cephalotaxus sinensis (Cupressales: Taxaceae), an endangered Tertiary relict tree endemic to China
中国第三纪特有孑遗种粗榧完整叶绿体基因组特性研究
研究背景:
        粗榧是第三纪濒危地方性残留树种, 具有较高的药用价值。为了促进其保护遗传学研究, 本文利用 Illumina 高通量测序技术,对其完整叶绿体基因组进行了组装。
研究方法:
        用DNeasy Plant Mini Kit (QIAGEN,German) 从将粗榧鲜嫩叶片中提取基因组DNA,质检初步合格后,送上海天昊生物有限公司进行高通量DNA测序。利用Illumina HiSeq 2500测序系统共产生了15.4 M 150-bp的raw reads,平均测序深度达到叶绿体基因组的214X,用CLC Genomics Workbench v9 (CLC Bio, Aarhus, Denmark)对数据进行质控,并MITObim v1.9软件(https://github.com/chrishah/MITObim)对叶绿体基因组进行组装,以Cephalotaxus oliveri (KC136217)的叶绿体基因组为参考基因组。利用Geneious R10软件 (Biomatters Ltd., Auckland, New Zealand)对叶绿体基因组进行注释,并利用OGDRAW软件(http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de)绘制物理图谱。系统进化树利用MEGA6软件(http://megasoftware.net)进行。
 
研究结果:
        叶绿体基因组全长为135646 bp,具有不对称的碱基组成 (32.5% A、17.6% C、17.5% G和 32.4% T),共编码了113个unique基因 (包括82蛋白质编码基因、27个tRNA基因和4个rRNA基因),其中trnQ-UUG具有基因组复制现象。此外,14个基因 (atpF、ndhA、ndhB、petB、petD、rpl2、rpl16、rpoC1、rps12、rps16、trnA-UGC、trnG-UCC、trnI-GAUtrnK-UUU) 具有一个内含子, 另一个基因 (ycf3) 有一对内含子。系统进化分析基本上支持了目前柏目(Cupressales)层次分类的顺序, 揭示了粗榧与同源物种蓖子三尖杉的密切关系。
 

 
图1、粗榧叶绿体基因组的物理图谱。外圆外侧显示基因按照顺时针方向转录,而外圆内侧显示基因按照逆时针方向转录。内圆中的浅虚线区域和深灰色区域分别表示基因组的A+T和G+C含量

 

 
图2、基于叶绿体蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)对Cupressales 38种植物的系统发育关系的NJ分析,分类单元为属级水平
 
关于天昊
        天昊生物具有丰富的动植物叶绿体、线粒体细胞器基因组和DNA条形码检测项目经验,为客户高效发表SCI文章提供技术保障,我们期待成为您细胞器基因组测序和DNA条形码检测的优质服务合作伙伴。
 
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