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2018年乳腺癌--分子遗传学领域最新研究进展一览
 


        近日,小编闲来无事,以cancer和sequencing为关键词在PubMed上搜索发现乳腺癌(breast cancer)相关的以测序为主要内容的文章自2018年以来出现地更多,下边就由小编随文章影响因子排序挑选部分研究简单介绍下吧…(文章后附有天昊相应的技术服务)
 
1. Transcriptional profiles of different states of cancer stem cells in triple- negative breast cancer, Molecular Cancer, 2018.2, IF: 6.204
关键词:三阴乳腺癌,癌症干细胞,全转录组测序

        乳腺癌干细胞(BCSC)被认为是肿瘤初发、转移和复发的重要原因,通过分离BCSC能够筛选诸如ALDH+或CD24-CD44+的标志物。事实上,同时表达这些标志物的细胞其肿瘤发生和侵袭的能力最强。表达某一种BCSC标志物的细胞其转录组表征相关的研究已有出现,但是同时表达这些标志物,具有最强致瘤性的BCSC的转录组研究还未曾出现。
        因此这项研究结合这两类标志物的表达将三阴性乳腺癌患者来源的BCSC分成四类,利用全转录组测序系统地比较三组的表达特征,以ALDH-和non- CD24-CD44+为对照。特别是在ALDH+CD24-CD44+组中发现了P4HA2, PTGR1和RAB40B潜在的诊断标志物,这些标志物与BCSC的状态及三阴乳腺癌细胞的肿瘤生长相关。



 
天昊生物 全转录组测序技术参数(参考)
 

 
 
[1]Liu M, Liu Y, Deng L, Wang D, He X, et al. (2018) Transcriptional profiles of different states of cancer stem cells in triple-negative breast cancer. Mol Cancer 17: 65.
 
2. Exome sequencing and case-control analyses identify RCC1 as a candidate breast cancer susceptibility gene, International Journal of Cancer, 2018.6, IF: 6.513
关键词:全外显子测序,家系

        乳腺癌作为一种遗传性疾病,但是已知的基因只能解释很少的一部分案例。为了解释突尼斯人群体中乳腺癌的分子机制,这项研究对6例BRCA1/BRCA2突变阴性的家族性的乳腺癌患者进行了全外显子测序。
        结果在患者germline DNA样本中发现了一种新的移码突变,RCC1。随后大样本验证发现在153例患者中的5例也出现了19 bp的缺失(3%, p = 0.0015),而400例对照样本中并未出现。这种缺失主要集中在具有乳腺癌家族史的患者中(4%, p = 0.0009)。突变携带者中4/6出现了等位基因的缺失,这说明RCC1的异常可能在肿瘤进展过程中带来不利的影响。因此RCC1可能是突尼斯人群体中乳腺癌的一个易感基因。


 
        天昊生物 肿瘤组织和cfDNA全外显子捕获测序链接
        http:// www.geneskybiotech.com/service/cancer-wes/
 
[2]Riahi A, Radmanesh H, Schurmann P, Bogdanova N, Geffers R, et al. (2018) Exome sequencing and case-control analyses identify RCC1 as a candidate breast cancer susceptibility gene. Int J Cancer 142: 2512-2517.
 
3. DNA Methylation Signatures Predicting Bevacizumab Efficacy in Metastatic Breast Cancer, Theranostics, 2018.3, IF: 8.712
关键词:甲基化,450k芯片,贝伐单抗

        乳腺癌中有关预测贝伐单抗(Bevacizumab)治疗反应的标志物从未出现,由于表观遗传学修饰能够异常调控血管生成并且导致治疗抗性,因此这项研究集中在DNA甲基化对贝伐单抗效率的影响。
        首先利用450k芯片对36例HER2阴性转移性乳腺癌患者的FFPE样本进行全基因组范围内甲基化表征,根据治疗反应在responders (R)和non-responders (NR)组间发现48个基因存在差异的甲基化位点(learning set阶段, OR = 101, p < 0.0001)。然后在optimization set阶段利用targeted bisulfite sequencing对48个基因的361CpG位点进一步验证,筛选出9个基因的CpG位点能够显著区分learning set中的两组(OR = 40, p < 0.001, AUC = 0.91)。进一步缩小的3个基因的甲基化模型显示R组有更长的无进展生存期(PFS),多变量分析显示其能够更好地区分R和NR组(如图)。


 
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数据量/样本 90G   -  
平均测序深度 20×   1000×  
数据分析类型 定量 定量 定量 定性/定量
 
 
[3]Gampenrieder SP, Rinnerthaler G, Hackl H, Pulverer W, Weinhaeusel A, et al. (2018) DNA Methylation Signatures Predicting Bevacizumab Efficacy in Metastatic Breast Cancer. Theranostics 8: 2278-2288.
 
4. Comprehensive mutation and copy number profiling in archived circulating breast cancer tumor cells documents heterogeneous resistance mechanisms, Cancer Research, 2018.2, IF: 9.122
关键词:CTC,单细胞测序,全外显子测序,拷贝数变异(CNA)

        寻找药物抗性的原因在癌症相关研究中是一项巨大挑战,而癌症抗性机制相关的异质性的程度尚不清楚。这项研究借助二代测序技术分析晚期癌症患者的循环肿瘤细胞(CTC),以探寻靶向治疗抗性的机制。
        通过比较CTC和转移性组织的基因组特征发现85%的一致性,即至少存在一个或更多的体细胞突变和CNA,两者之间也存在不一致的genomic alterations。CTC分析也发现了多种激素治疗抗性的分子机制,包括个体CTC的杂合性缺失。CTC基因组和组织基因组信息能够很好的互补,精准的联合治疗可能对晚期乳腺癌患者的靶向治疗更加有效。

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        天昊客户最新的CNV高分paper来袭!----近日,天昊生物CNVplex®高通量DNA拷贝数检测技术助力蛋白质组学国家重点实验室周钢桥教授和贺福初院士课题组,在著名胃肠病学杂志Gastroenterology(IF:18.392)上发表了“Germline Duplication of SNORA18L5 Increases Risk for HBV-related Hepatocellular Carcinoma by Altering Localization of Ribosomal Proteins and Decreasing Levels of p53”。(小编后续会对这篇文章详细解读)
 
[4]Paoletti C, Cani AK, Larios JM, Hovelson DH, Aung K, et al. (2018) Comprehensive Mutation and Copy Number Profiling in Archived Circulating Breast Cancer Tumor Cells Documents Heterogeneous Resistance Mechanisms. Cancer Res 78: 1110-1122.
 
5. Identifying and Targeting Sporadic Oncogenic Genetic Aberrations in Mouse Models of Triple Negative Breast Cancer, Cancer Discovery, 2018.3, IF: 20.011
关键词:全外显子测序,RNA测序

        三阴性乳腺癌(TNBC)在遗传上通常表现出TP53的异常以及一些常见oncogene低频的点突变,导致其靶向治疗的困难。这项研究结合全外显子测序和RNA测序在TNBC的小鼠模型中发现一些异常的体细胞突变,这些突变或由Trp53单独的缺失驱动,或与Brca1一同缺失所驱动。扩增或者易位分别能够导致一些肿瘤蛋白水平的上升或融合,而肿瘤抑制基因的移码突变在接近50%的肿瘤中被发现。研究还发现多数遗传变异能够激活MAPK/PI3K通路,更重要的是一些药物能够有效地针对体细胞变异的靶点实现对肿瘤的抑制。


 
        天昊生物 mRNA测序链接
        http://www.geneskybiotech.com/service/transcriptome-rna-seq/
 
[5]Liu H, Murphy CJ, Karreth FA, Emdal KB, White FM, et al. (2018) Identifying and Targeting Sporadic Oncogenic Genetic Aberrations in Mouse Models of Triple-Negative Breast Cancer. Cancer Discov 8: 354-369.
 
6. A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers, Cancer Cell, 2018.4, IF: 27.407
关键词:多组学,DNA,RNA,蛋白组,组织病理,妇科癌症

        这项研究对来源于TCGA的4种妇科癌症及乳腺癌共2579例肿瘤样本的分子数据进行整合分析,其目的在于发现一些共享的或独特的分子特征、临床上重要的亚型及潜在的治疗靶点。结果发现了61个体细胞拷贝数变异(SCNA)和46个显著突变的基因(SMG),其中11个SCNA和11个SMG并没有在先前的TCGA研究中被发现。对转录组数据分析发现了功能上重要的雌激素受体(ER)调控的lncRNA及gene/lncRNA相互作用网络。通路分析发现了高白细胞浸润的亚型,存在免疫治疗的可能,利用16个重要的分子特征发现了5个预后相关的亚型。


 
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[6]Berger AC, Korkut A, Kanchi RS, Hegde AM, Lenoir W, et al. (2018) A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers. Cancer Cell 33: 690-705 e699.
 
7. Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing, Cell, 2018.5, IF: 30.41
关键词:单细胞测序(DNA/RNA),外显子测序,化疗抗性,clone进化

        三阴乳腺癌是一种极具侵略性的乳腺癌亚型,频繁地表现出化疗抗性。然而一个悬而未决的问题是:化疗抗性是由一些罕见的已存在的clone还是由一些新的基因组变异所引起?为了解决这个问题,这项研究利用单细胞DNA和RNA测序以及组织样本外显子测序技术分析20例三阴乳腺癌患者在新辅助化疗(NAC)治疗期间的纵向样本。深度外显子测序发现10位患者NAC导致clone消失,而10位患者治疗后clone一直存在。在8位患者中利用单细胞测序发现具有抗性的基因型是预先存在的,而且被NAC适应性地选择,而转录组特征是随化疗反应后天改变的。

 
 
[7]Kim C, Gao R, Sei E, Brandt R, Hartman J, et al. (2018) Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing. Cell 173: 879-893 e813.
 
 



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