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【科研小助手】“iSeq”--不只是illumina最新测序平台,还可以是RNA-seq在线分析平台
        转录组测序( RNA-seq )已成为单碱基分辨率基因组特性和转录本定量分析的标准实验方法。然而,大量测序数据的后续分析对于传统生化实验室研究人员(wet-lab researchers)来说可是一项令人望而却步的工作,迫切需要一个功能集成和用户友好的平台来满足这一需求。北京大学李程课题组2018年最新发表的文献,报道了一个基于R语言的网络在线平台iSeq,用于RNA-seq序列数据分析和可视化。


 
 
        iSeq在线工具网址:http://202.205.131.33:3838/iSeq/
首页展示:


 
        iSeq是一个利用R语言的Shiny框架搭建的网页应用平台,具有简单的用户界面和多个数据分析模块。没有编程和统计技能的用户也可以分析其RNA-seq数据,并可以绘制出较高质量的图表。iSeq可通过任何操作系统上的网页浏览器进行访问。
iSeq工作流程图:


 
iSeq数据输入格式:


 
数据来源:http://202.205.131.32:3838/NAT.Condition.csv
分析图表举例:


 
 
        iSeq网站接受上传的Excel数据,几步式操作非常简单易学,提供RNA-seq检测最常用的基因表达差异表、火山图、聚类图、PCA图以及GO注释等分析结果。网站处理速度较快,适合初级用户RNA-seq数据个性化调整与分析。
        小小的不足可能是目前在GO分析时,只提供人和小鼠物种选项,在KEGG富集、Venn图等分析时,仍需要借助第三方网站工具支持,并且无法完成如“融合基因鉴定”、“可变剪切分析”、“新转录本预测”等高级生信分析。
 
        天昊生物具有多年RNA-seq检测与分析经验,可以为用户提供多物种、全方位、一站式转录组测序分析专业服务。
天昊生物RNA-seq数据分析流程图:


 
生物信息分析内容:
1、基本分析:
l  原始数据整理、过滤及质量评估
l  参考基因组注释信息整理
l  比对到参考基因组及结果评估
l  mRNA表达定量分析
l  mRNA差异表达分析
l  差异表达基因 GO和KEGG富集分析
2、高级分析:
l  可变剪切分析
l  新转录本预测
l  融合基因分析
l  SNV/InDel分析
3、个性化分析:
……
 
赶快来吧,期待成为您转录组测序分析的优质服务提供商!




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