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【科研小助手】SSR信息不够全,两款小工具帮您添!
       小勤:听说你们天昊生物的SSRseqTM专利技术在进行SSR基因分型时,既准确又高效,不仅可以“比大小”,还能“看序列”,我也准备试一试。

       昊昊:好啊 ,在正式检测之前,我们需要对您的目标SSR进行前期评估。您需要提供一下SSR区域及引物序列,以及重复单元组成、数目、产物片段大小等信息就好。
 
       小勤:啊?!我接手师兄的课题,他走的时候只给我丢下了一堆SSR和引物序列,我要自己整理这些信息,可得数到哪一天才算是个头啊!~~
   
       昊昊:这个你问我啊,我给您推荐两款在线小工具,让这些工作分分钟搞定。
 
一、SSRIT - Simple Sequence Repeat Identification Tool
网址: http://archive.gramene.org/db/markers/ssrtool
首页简介:


 
1、设置参数:


 
a) 选择期望找到的最长重复单元长度(maximum motif-length)。


 
b) 将FASTA格式的目标SSR序列粘贴到文本框中,点击“FIND SSRs”,你想要的SSR相关信息即可获得。


 
        SSRIT在线工具说明清楚,操作及结果呈现简单明了,初学者极易上手。该工具就是有一个小缺点—网页刷新有些慢,需要有些耐心哦。
 
二、Imperfect SSR Finder
网址: https://ssr.nwisrl.ars.usda.gov/
首页简介:


 

       Imperfect SSR Finder在线工具分为两页呈现,第一页同样是对寻找的SSR信息的参数设置,该工具不仅可以寻找标准的SSR重复单元信息,而且可以根据用户设置寻找一些不标准的SSR重复单元信息,具体设置方法分别在“Perfect SSR Minimums”和“Imperfect SSR Minimums”两个板块进行。
当根据网页说明设置好参数后,即可点击屏幕左下角的“Go to Step2”按钮。
 
       之后,同样的将FASTA格式的SSR序列粘贴到文本框中,点击“Process!”即可提交信息。


 

        该网站很快会得到SSR相关分析结果,可以提供用户4类信息,8种输出方式,如下所示:


 
        我们最关心的“Sequences with SSRs”,会以黄色高亮度形式在提交序列中标出


 
        最后的统计信息,会以Excel表格形式,在“Sequence summary”部分获得。


 
 
        上面推荐的两款在线小工具是不是既简单又实用呢,小伙伴赶紧上手用起来!
 
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