咨询热线:400-065-6886   天昊基因

中文 / English

主页 > 技术支持 > 科研进展 >
【科研小助手】SSR分析利器之:POPGENE
一、软件简介:
       POPGENE软件是由Francis Yeh、Rongcai Yang和Timothy Boyle共同开发的用于分析群体间及群体内遗传变异的一款免费软件。该软件主要基于Windows操作系统,使初学者更容易进行群体遗传学分析,完成科学可靠的数据统计。目前最新的POPGENE版本为1.32,专为使用单倍体和二倍体数据分析共显性和显性标记而设计的。POPGENE可以进行常用的遗传统计(例如,等位基因频率、基因多样性、遗传距离、G-statistics、F-statistics)和复杂的遗传统计(例如,基因流,中性检验,连锁不平衡,多位点结构分析等)。软件数据处理限制: 1400个群体,150个组,1000个位点和一个位点最多52个等位基因型数据。
软件网址:https://sites.ualberta.ca/~fyeh/popgene.html
二、软件界面及指令介绍:

 
 
       Co-Dominant Marker:共显性标记,即同时能检测出显性和隐性等位基因,能够区分纯合和杂合基因型的遗传标记。
       Dominant Marker:只能按有无扩增条带进行分析,并且无法区分杂合基因型的遗传标记。
       Co-Dominant Marker Data:调用co-dominant 标记数据进行群体遗传分析。
       Dominant Marker Data:调用dominant 标记数据进行群体遗传分析。
       Quantitative Trait Data:调用数量性状数据进行群体遗传分析 。
 

 

 
1、窗口菜单Haploid Data可以分析内容包括:
        Gene Frequency:利用原始数据评估每个位点的基因频率。
        Allele Number:等位基因的数量统计。
        Effective Allele Number:纯合性评估。
        Polymorphic Loci:具有多态性位点占所有位点百分比。
        Gene Diversity:Nei’s基因多样性评估。
        Shannon Index:Shannon信息指数,基因多样性程度的评估指标。
        Homogeneity Test:构建双向列联表并对群体基因频率进行卡方和似然比检验。
        F-Statistics:对Nei’s的GST等进行评估。
        Gene Flow:通过GST或者FST对基因流进行评估。
        Genetic Distance:判断 Nei’s及无偏遗传特性和遗传距离。
        Dendrogram:用 UPGMA 绘制基于 Nei’s 遗传距离的树形图。
        Neutrality Test:进行Ewens-Watterson中性检验。
        Two-locus LD:判断位点和卡方检验的配子不平衡。
        Brown:计算观察到的和预期的K值,以及群体随机选择到杂合位点的数目。
        Smouse:最常出现的等位基因为1,其他等位基因为0。用于估计群体内平均位点间相关性。
2、窗口菜单Diploid Data可以分析内容包括:
        Genotypic Frequency: 根据原始数据估计co-dominant markers在每个位点基因型观察频率。
        HW Test:在随机杂交的情况下,计算预期的基因型频率,并且对每个位点进行Hardy-Weinberg平衡的卡方检验和似然比检验,仅限于共显性标记。
        Fixation Index:利用FIS作为杂合子缺失或过量的评估标准。
        Obs. Homozygosity:判断给定位点观察到纯合子的比例。
        Exp. Homozygosity:判断随机杂交的情况下预期纯合子的比例。

三、数据格式(以Diploid Data为例)


 
 
四、结果展示:

文件基本信息:

 
等位基因频率信息:

位点统计结果:


 
 
 
关于天昊:
        天昊生物拥有多种SSR检测平台及SSRseqTM等专利技术,可以根据客户项目需求,提供不同数量样本和位点的高性价比微卫星检测服务。
 




上海天昊生物科技有限公司 版权所有 沪ICP备17008908号
地址:上海市浦东新区康桥路787号9号楼 邮箱:techsupport@geneskies.com 电话:400-065-6886