咨询热线:400-065-6886   天昊基因

中文 / English

主页 > 技术服务 > LncRNA测序

技术服务

LncRNA测序

LncRNA测序

技术简介:

      长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 是一类长度在200-100000 nt之间的RNA分子。它们不参与蛋白质的编码,但是在细胞内起着重要的调控作用。已有的研究表明lncRNA参与X染色体沉默,基因组印记,表观遗传修饰,转录激活等多种生物学过程,越来越成为非编码RNA研究领域的一个热点。LncRAN测序就是采用高通量测序技术结合生物信息分析,一次性获得样本中的lncRNA和mRNA信息,对lncRNA的类别,表达和功能进行深入分析的方法。

技术优势:


     •  LncRNAseq可利用一份RNA样品,同时获得lncRNA和mRNA的测序数据。
     • 鉴定已知lncRNA的同时,可以预测新的lncRNA.
     • 信息量大,可进行mRNA和lncRNA共表达分析

应用领域:


     •  快速鉴定不同物种、不同组织、不同发育阶段、不同疾病状态下已知和未知的lncRNA及其表达差异
     •  lncRNA编辑、新lncRNA预测及lncRNA靶基因分析

技术参数与实验流程


技术参数


样品要求 文库类型 测序策略 数据要求
Total RNA,总量>2ug,浓度≥ 50 ng/μL;RNA无明显降解 (28S:18S>1.8;RIN>7)
  • Poly(A)+链特异性文库
  • rRNA去除+链特异性文库
  • Illumina HiSeq PE150;10G数据量
  • 数据预处理
  • 数据整体质量评估
  • LncRNA表达水平分析
  • LncRNA差异表达分析
  • LncRNA靶基因预测
  • LncRNA靶基因差异表达分析
  • 靶基因富集分析
  • 个性化分析

实验路线



数据分析内容


生物信息分析内容
数据预处理
数据整体质量评估
LncRNA表达水平分析
LncRNA差异表达分析
LncRNA靶基因预测
LncRNA靶基因差异表达分析
靶基因富集分析
个性化分析

经典文章解读

【复杂疾病】lncRNA测序解析银屑病皮肤组织特异性表达和表观调控机制

研究背景:

       目前,多数自身免疫疾病的组学研究主要关注点仍然是蛋白编码mRNA。

研究方法:

      收集99例银屑病皮损组织(PP),27例皮损旁正常组织(PN)和90例健康对照皮肤组织(NN),完成RNA-seq实验,生物信息学技术平台分析lncRNA的数据。

研究结果:

       1. 检测到皮肤特异性lncRNA,已注释的2942个,首次报道的1080个。

       2. 超过40%的新LncRNA存在差异表达(PP vs. PN;PP vs. NN),而存在差异表达的mRNA和已注释lncRNA的比例则相对较低。

       3. 很多差异表达lncRNA与免疫功能相关基因存在共表达,并且新lncRNA靶基因呈现 表皮分化复合物基因富集现象。

研究结论:

      很多lncRNA参与了银屑病的发生发展,本研究为后续的皮肤lncRNA功能研究提供了重要的参考。

图1:本研究的设计思路

图2 不同类型转录本的皮肤组织特异性

参考文献:

      Tsoi L C, Iyer M K, Stuart P E, et al. Analysis of long non-coding RNAs highlights tissue-specific expression patterns and epigenetic profiles in normal and psoriatic skin[J]. Genome Biology, 2015, 16(1):1-15.

上海天昊生物科技有限公司 版权所有 沪ICP备17008908号
地址:上海市浦东新区康桥路787号9号楼 邮箱:techsupport@geneskies.com 电话:400-065-6886