咨询热线:400-065-6886   天昊基因

中文 / English

主页 > 技术服务 > 全基因组简化甲基化测序(RRBS)

技术服务

全基因组简化甲基化测序(RRBS)

全基因组简化甲基化测序(RRBS)

技术简介:

      RRBS测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,通过酶切富集启动子及CpG岛区域,并进行Bisulfite测序,同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的热点,与基因表达、表型性状息息相关。RRBS作为一种高 性价比的甲基化研究方法,在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

技术优势:


     •  可以确定甲基化位点,减少数据量,通量较高,单碱基分辨率
     • 准确性高:数字化信号,直接测定每个转录本片段的序列

应用领域:


     •  基因表达调控
     •  发育表观组学
     •  进化表观组学

技术参数与实验流程


技术参数


样本要求 文库类型 测序策略 数据要求
  • 样本类型:基因组DNA
  • 样品需求量:总量≥5 μg;浓度≥50ng/μL
  • 样品纯度:OD260/280 =1.8~2.0。
  • 样本无明显降解,无蛋白、RNA污染
200bp 插入片段文库
  • Hiseq 2×150
单个样本数据量大于5G,在总数据中对于酶切片段目标区域平均测序深度>30X,CpG区域覆盖比例>40%。

实验流程



数据分析流程



经典文章解读

【肿瘤】RRBS测序揭示急性早幼粒细胞白血病的基因组甲基化水平变化,提示甲基化阻断了转录因子与基因组的结合

研究背景:

      肿瘤发生往往伴有DNA甲基化模式异常。特定的甲基化模式往往和特定的DNA突变相对应。急性早幼粒细胞白血病(APL)疾病进程中甲基化变化一直没有明确的研究结果。

研究样本:

      18例初次诊断患者(对照:8例复发患者密度离心富集骨髓细胞;4例健康患者的CD34+细胞; 4例健康患者的CD34+细胞体外转化的前骨髓细胞),PML—RARα转基因小鼠/野生型小鼠骨髓细胞;逆转录病毒转导造血母细胞不同时间点的样品。

研究平台:

      RRBS;Illumina methylation bead array 450K芯片。

研究结果:

      1. 原始甲基化水平数据可以将样本聚类为2类: APL患者为一类,复发患者与其它样品为一类。同时,RRBS的结果和甲基化芯片结果具有很好的相关性(图一)。

      2. 和健康对照相比,APL患者基因组整体甲基化水平主要为中度甲基化(20%-80%),少部分为低甲基化。高甲基化比例和健康对照相差不大。因此,APL患者整体甲基化水平偏高,但染色体末端甲基化程度降低(图二)。

      3. PML-RARalfa结合位点并不一定是甲基化水平差异位点,提示PML-RARalfa的结合保护了结合位点被过度甲基化(图三)。

      4. 小鼠和细胞实验提示,白血病发病和表型的晚期事件和甲基化变化存在紧密关联。



图一:基于甲基化水平测序原始数据聚类图显示样品的聚类情况。


图二:相比于健康对照,APL患者基因组越靠近末端的地方,甲基化水平越低。


图三:APL患者相比于健康对照,PML-RARalfa结合位点甲基化程度偏低。

研究结论:

      APL疾病发生伴有DNA高甲基化和整体甲基化水平变异增加,同时染色体末端区域存在甲基化水平降低。APL疾病中,部分基因组因为DNA甲基化免于被促癌转录因子的结合,如PML-RARalfa。PML-RARalfa引发白血病发生与甲基化水平改变事件是相互独立的。

参考文献:

      Schoofs T, Rohde C, Hebestreit K, et al. DNA methylation changes are a late event in acute promyelocytic leukemia and coincide with loss of transcription factor binding.[J]. Blood, 2013, 121(1):178-87.

上海天昊生物科技有限公司 版权所有 沪ICP备17008908号
地址:上海市浦东新区康桥路787号9号楼 邮箱:techsupport@geneskies.com 电话:400-065-6886