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技术服务

AccuCopy®多重CNV检测(12-16plex)

AccuCopy®多重CNV检测(12-16plex)

技术简介:

       本方法非常适合对大量样品进行多个目的片段或者目的区域的DNA拷贝数检测研究。

技术方法:


      上海天昊生物科技有限公司开发的AccuCopy®多重基因拷贝数检测专利技术(专利号:201010180551.2),根据客户项目要求合成特异引物和竞争模板,以及优化PCR反应体系后组装而成。该专利技术原理说明见图1:取一定量的竞争DNA片段混合物----每个片段与各自对应基因片段仅有微小差别(通常为几个碱基长度差异),然后与合适量的样本DNA混合,作为随后多重荧光竞争性PCR扩增的模板;多重PCR产物经毛细管电泳后对不同基因位点扩增产物以及同一位点的不同模板(样本DNA与竞争DNA)扩增产物根据其长度差异进行分离;分析每个基因片段的S/I值,利用参照基因S/I值对目标基因S/I值进行校正后获取目标基因的准确拷贝数。 与其它拷贝数检测技术如qRT-PCR和MLPA相比,该检测专利技术具备低成本、高效率、高准确性的优势。PCR扩增产物用ABI3130XL进行毛细管电泳,原始数据文件采用GeneMapper4.0(Life technologies)进行目标峰高及峰面积数据读取,输出数据采用EXCEL进行处理分析。

图1: AccuCopy®多重CNV检测技术原理:利用内对照DNA校正不同片段的扩增效率的差异,参照基因R来作为2拷贝的内参基因,用于拷贝数绝对定量。数据处理时,使用目的峰面积S/内对照DNA峰I,再用参照基因R进行标化2拷贝,目的基因片段的拷贝数便可以精确定量了。

应用领域:

       本方法适用于各个涉及到DNA拷贝数变异研究的遗传研究领域,例如疾病基因组研究、肿瘤基因组研究、临床分子诊断研究、植物基因组研究、动物基因组研究等。尤其适合针对多个候选区域的DNA拷贝数分析,以及全基因组CNV研究后进行进一步的大样品验证研究。

天昊生物自主专利技术

 • 多重检测可将12-16个片段融入1个检测体系,其中8-12个检测目的片段,3-4个参照基因片段。
 • 最为准确的CNV拷贝数定量检测方法,平均检测误差。
 • 高灵敏度:可以准确定量高达6个拷贝的目的片段。
 • 高通量:大样品量多重CNV拷贝数检测方法,4小时可以完成CNV拷贝数检测实验。
 • 低成本:无需大量重复,多重实验为您大大节省实验成本。
 • 高灵活性:可根据客户需求进行设计合成Customer Design Panel及试剂盒,您只需拥有荧光毛细管电泳仪就可以轻松实现高效的拷贝数多重检测。省去繁琐的国外定制流程,更快速、更便宜。

检测对象:

       基因组DNA

服务内容:

     • 课题的设计咨询包括检测区域和候选基因区域的选择;
     • DNA样本的质检与标化;
     • AccuCopy®检测探针和内对照序列的设计、合成与优化;
     • AccuCopy®多重DNA拷贝数检测;
     • DNA拷贝数检测数据的分析与结果报告。

检测实例:

图1. AccuCopy®在1个体系中进行10个目的片段多重定量检测的荧光毛细管电泳图

图2. AccuCopy®检测实例I:染色体21、X、Y拷贝数检测,参照基因POP1

1. Du R, Lu C, Jiang Z , et al. Efficient typing of copy number variations in a segmental duplication-mediated rearrangement hotspot using multiplex competitive amplification. J Hum Genet. 2012 Aug; 57(8):545-51.

       2012年复旦大学张峰教授的研究团队与上海天昊生物科技有限公司合作,利用上海天昊专利的多重DNA拷贝数检测技术AccuCopy®对CNV产生机制进行了深入的研究.研究者利用AccuCopy®这一基于多重竞争性PCR反应的检测方法对320个精子发生减少病人和93个健康人,在MEIG1、NAHR基因中发现了一系列DNA缺失和重复。此研究第一次发表了AccuCopy®多重DNA拷贝数检测技术,并证实了这一技术在多重CNV检测中高效性和准确性。

2. Liu B, Yang L, Huang B, et al. A functional copy-number variation in MAPKAPK2 predicts risk and prognosis of lung cancer. Am J Hum Genet. 2012 Aug 10; 91(2):384-90.

      2012年广州医科大学呼吸疾病国家重点实验室的吕嘉春教授团队利用天昊AccuCopy®技术对CNV在肺癌致病和预后中发挥的作用进行了研究,研究成果发表在《美国人类遗传学杂志》上。MAPKAPK2 属于MAPK通路,可以通过致癌作用和药物抵抗促进肿瘤的发展和侵袭。研究者评估了位于MAPKAPK2启动子区域已知的拷贝数变异g.CNV-30450不同拷贝数在肺癌发病风险和预后中发挥的效应。研究利用TaqMan定量PCR方法在4789个样品中进行了CNV分型,同时利用AccuCopy®和Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0芯片进了200个随机样品的验证,验证一致率高达98%。这一研究结果充分反映了AccuCopy®具有很高的检测准确性,同时AccuCopy®作为多重CNV检测技术,具有TaqMan技术和全基因组芯片技术无法匹敌的检测通量优势。

3. Liu Y, Du Y, Liu W, et al. Lack of association between NLGN3, NLGN4, SHANK2 and SHANK3 gene variants and autism spectrum disorder in a Chinese population. PLoS One. 2013; 8(2):e56639.

      复旦大学生命科学院公晓红教授的科研团队与上海天昊生物科技有限公司合作,利用AccuCopy®技术和Sanger测序技术对突触NRXN-NLGN通路中相关基因进行了基因突变和DNA拷贝数检测,研究了这些基因与中国自闭症谱系障碍患者的关联,取得的科研成果于2013年2月发表在PLOS ONE杂志上。研究者利用AccuCopy®技术对NLGN3、NLGN4、SHANK2、SHANK3四个基因在285个病例中进行拷贝数检测,结果显示病例中未发现这4个基因存在缺失和重复的情况。同时研究者通过测序和关联分析也未发现这些基因中的位点与此疾病存在显著关联。研究提示突触NRXN-NLGN通路这一重要ASD易感通路中的主要基因可能并非是中国人群ASD发病的主要病因。在这一研究中AccuCopy®充分发挥了其对CNV检测的通量优势,在大量样品中同时对多个基因的不同片段区域进行了DNA拷贝数的检测分析。

4. You GL, Ding QL, Lu YL, et al. Characterization of large deletions in the F8 gene using multiple competitive amplification and genome walking technique. J Thromb Haemost. 2013 Mar 29.

      上海交通大学附属瑞金医院王学峰教授团队利用AccuCopy®多重DNA拷贝检测技术对F8 基因DNA拷贝数进行了检测,成功的对血友病A患者进行了遗传病因学的诊断,并使用引物步移法和染色体步移法技术对断点进行分子水平的特性研究。血友病A是人类最常见的凝血机制障碍性疾病,呈X染色体连锁隐性遗传,由血浆凝血因子Ⅷ(F8)缺陷所致,因F8基因大片段缺失产生的病患数占重型血友病A的3%。研究者利用AccuCopy®技术对F8基因的26个外显子进行拷贝数检测,发现了10种F8基因片段缺失情况,并检测出4例家族中的女性携带者。研究者提出AccuCopy®可以高效地通过检测大片段DNA拷贝数来进行遗传学病因诊断,在临床分子诊断中具有巨大的优势。

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