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【昊文章】天昊客户叶绿体、线粒体基因组随机测序文章发不停

 


原创 上海天昊生物 

  动植物细胞器(线粒体、叶绿体)基因组随机测序因其实验设计及取样简单,投入少、发文快,一直以来都是我们的“人气服务项目”。研究者可以围绕自己感兴趣的物种收集材料进行送检。我们会对样本进行总DNA抽提质控,利用高通量测序平台进行随机测序,最后保留线粒体和叶绿体基因组测序数据,进行细胞器基因组特征、基因注释及比较和系统发育树构建等分析,出具项目检测报告。下面介绍几篇我们天昊客户近期发表的相关文章

 

01

发表时间:2021-5-19

题目:The complete mitochondrial genome of Agelasta perplexa Pascoe (Coleoptera: Cerambycidae)
桑拟象天牛完整线粒体基因组
发表期刊:
Mitochondrial DNA B Resources 


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研究概要:
桑拟象天牛是一种危害植物生长的有害昆虫。本研究揭示了桑拟象天牛完整的线粒体基因组,长度为15,552 bp,分别为39.8% A12.8% C8.4% G39.1% T组成。线粒体基因组GC含量为21.1%,其编码12个蛋白编码基因、22tRNAs2rRNAs1AT富集区。该研究有助于进一步深入探讨桑拟象天牛的遗传进化及防控策略。


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1、根据基因组序列构建的桑拟象天牛相关16个物种最大似然进化树。

 

                                             

02

发表时间:2021-4-9

题目:Mitogenome of Alaudala cheleensis (Passeriformes: Alaudidae) and comparative analyses of Sylvioidea mitogenomes
短趾百灵(燕雀目:云雀科)线粒体基因组特征及与莺总科线粒体基因组的比较分析
发表期刊:
Zootaxa 


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研究概要:
为了更好地了解莺总科线粒体基因组特征和系统发育关系,对短趾百灵的整个线粒体基因组进行了测序,对18种莺总科物种进行了线粒体基因组比较分析,最后基于线粒体数据集重建了系统发育。短趾百灵线粒体基因组的基因顺序与其他莺总科物种相似,包括cytb-trnT-CR1-trnP-nad6-trnE--remnant CR2-trnF-rrnS的基因重排。线粒体基因组中A+T含量略高于G+C,且存在明显的C偏向。ATG密码子启动所有蛋白质编码基因,而使用六个终止密码子。rrn的二级结构包含3个结构域和47个螺旋,而rrnL包含6个结构域和60个螺旋。除trn外,所有trn均可折叠成经典的三叶草二级结构(AGY)CR1可分为三个域,包括几个保守盒(C-stringFEDCB-boxBird similarity boxCSB1)。莺总科线粒体基因组内的比较分析表明,大多数线粒体特征与短趾百灵线粒体基因组一致。在我们的系统发育分析中,短趾百灵在莺总科中的基础位置与最近的其他研究一致。


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2、基于mtDNA数据集的sylvioid物种系统发育结果。AML树,BBI树。

 

 

 

03

发表时间:2021-2-13

题目:The complete mitochondrial genome of Arhopalus unicolor (Coleoptera: Cerambycidae)
赤短梗天牛完整线粒体基因组
发表期刊:
Mitochondrial DNA B Resources 


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研究概要:
在这项研究中,首次对赤短梗天牛的线粒体基因组进行了测序。赤短梗天牛线粒体基因组全长15,760 bpGC含量为19.0%,包括40.5% A10.8% C8.2% G40.5% T。共有13个蛋白质编码基因、22tRNA2rRNA和一个富含AT的区域。系统发育分析表明,赤短梗天牛与椎天牛关系密切。该研究为后续赤短梗天牛的预防提供了有用的遗传信息。


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3、基于基因组序列的赤短梗天牛及其相关的15种鞘翅目昆虫的NJ树。

 

 

04

发表时间:2021-3-11

题目:The complete chloroplast genome of Camellia grijsii, an ornamental shrub with floral aroma
具有花香的观赏灌木长瓣短柱茶的完整叶绿体基因组
发表期刊:
Mitochondrial DNA B Resources 


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研究概要:
长瓣短柱茶是一种具有花香的观赏灌木,在我国被广泛用于种植和园林绿化。为了获得长瓣短柱茶的遗传信息,我们基于Illumina Hiseq平台对完整的叶绿体基因组进行了测序和组装。叶绿体基因组总长度为161,078 bpGC含量为37.18%,包含一个大的单拷贝(LSC84,645 bp)区域,一个小的单拷贝(SSC15,772 bp)区域和一对反向重复(IRs30,330 bp)区域。它由81个蛋白质编码基因、4rRNAs,43tRNAs,组成。同时,将长瓣短柱茶的叶绿体基因组与其他山茶属植物进行了比较,结果表明长瓣短柱茶和大苞茶有密切的亲缘关系。本研究提供了长瓣短柱茶的完整叶绿体基因组,对进化分析具有重要的参考价值。


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4、基于叶绿体基因组保守蛋白序列的长瓣短柱茶与其他山茶属植物的NJ进化树。

 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 


  天昊生物具有丰富的人类线及动植物线粒体、叶绿体细胞器基因组检测项目经验,为客户高效发表SCI文章提供技术保障,我们期待成为您细胞器基因组测序检测的优质服务合作伙伴,欢迎联系我们具体咨询!

 

 

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