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【科研小工具】就没见过这么牛气的肿瘤甲基化和表达联合分析查询数据库
 
           
 
        如何不做试验探究甲基化是否在肿瘤样本中调控基因的表达水平,我第一个要查的就是这个牛气的数据库:
        MethHC
        http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
        有时间的老师请继续往下看,它的功能比我们预想的还要丰富。
 
 
数据库特点
  • 收录数据: DNA甲基化、基因表达、microRNA甲基化、microRNA表达, TCGA (The Cancer Genome Atlas)数据库的基因表达和甲基化的关系,一共包括超过6000例样本的18个癌种的6,548个 microarray 和12,567个 RNA 测序数据。
  • 显著优于其他同类型甲基化数据库,该网站直接给出多数据库对比表格。总结起来,优势体现在更新及时;数据量大且类型多样;同时包括miRNA表达数据和甲基化数据,能更快速直接的探究miRNA和甲基化是否调节目的基因的表达。
 
  • 数据库整体分析流程:整合分析TCGA数据库的甲基化水平,mRNA表达和microRNA表达数据,其中重点关注了基因mRNA水平和甲基化水平的相关性;miRNA的甲基化信息。
  • 甲基化分析更细致:除了传统的基因整体甲基化分析,还可细分多种基因区域 (promoter,enhancer, TSS1500, TSS200, 5'UTR, first exon,gene body ,3'UTR,CpG islands/CPG island regions, shelves and shores)

 
 
数据库用法介绍
 
  • 搜寻不同癌种的Top250差异甲基化基因,超高甲基化基因和超低甲基化基因。

 
  • 有目的的进行搜索。
  •  

 
  • 一个基因在某个癌种中的甲基化差异分析图(会针对不同转录本分别绘制)。
 

 
  • 点击某个具体癌种对应的图形,可得到具体表达水平(可选不同探针)和甲基化水平(可选不同区域)的相关性。
 
 
  • 还有原始数据可以下载




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